Wie interpretiert man die von Clustal Omega erstellte prozentuale Identitätsmatrix?

Ich habe ein multiples Sequenz-Alignment mit Clustal Omega durchgeführt. geprüfte Ähnlichkeit für 3 Proteinsequenzen: Aspartyl-Aminopeptidase [Homo sapiens], Aminopeptidase P (APP) [Plasmodium falciparum 3D7], Hefe-Aminopeptidase (S000001586)APE1. Ich habe Prozent Identitätsmatrix als

Prozentidentitätsmatrix - erstellt von Clustal2.1

 1: PF3D7_1454400              100.00   16.18   20.35
 2: gi|5902181|gb|AAD01211.2|   16.18  100.00   29.66
 3: S000001586                  20.35   29.66  100.00

Meine Zweifel:

  1. Ich würde gerne wissen, wie dieses Matrixergebnis zu interpretieren ist
  2. Zurück zu den Ergebnissen der Sequenz-Alignments: Wenn ich auf „Farben anzeigen“ klicke, wird die Alignment-Zusammenfassung in 4 Farben gefärbt – rot, grün, blau und pink. Kann mir jemand beim Entschlüsseln der Farbreferenz der Ausrichtungszusammenfassung helfen?

Danke

Antworten (1)

        Gene-1   Gene-2    Gene-3
Gene-1  100.00    16.18     20.35
Gene-2  16.18    100.00     29.66
Gene-3  20.35     29.66    100.00

Gene-1 und Gene-1 haben 100% Ähnlichkeit (und alle anderen diagonalen Elemente). Gen-1 und Gen-2 haben 16,15 % Ähnlichkeit und so weiter. Daher ist die Matrix symmetrisch M(i,j) = M(j,i).

Sie können auch nur den oberen dreieckigen Teil dieser Matrix anzeigen, und das würde ausreichen.

        Gene-1   Gene-2    Gene-3
Gene-1  100.00    16.18     20.35
Gene-2           100.00     29.66
Gene-3                     100.00

Die Farben bezeichnen grundsätzlich die Art (molekulare Natur) des Rückstands. Schau dir das und das an .

Wie interpretiert man die von Clustal Omega erstellte prozentuale Identitätsmatrix?
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