Ich habe eine SSR-Markeranalyse mit einem bioinformatischen Tool an einigen RNA-seq-Daten menschlicher Gewebe durchgeführt. Nun, mein Vorgesetzter glaubte, dass wir diese SSR anhand von transkriptomischen und genomischen Sequenzen validieren müssen, die von einer einzelnen Zelle stammen.
Meine Frage ist: Warum sollte ich Sequenzen aus Einzelzellen validieren? Danke, dass du deine Idee und Erfahrung hier teilst.
Ich denke, Ihr Vorgesetzter möchte sehen, ob es eine interzelluläre Variation in der Wiederholungslänge gibt, und wenn ja, die Variation berechnen. Dies kann mit einer Inter-Gewebe- oder Inter-Individuum-Variation verglichen werden.
Wenn Sie für einen Assay einen Zellpool nehmen, würden Sie normalerweise die Eigenschaften einzelner Zellen mitteln.
Mithilfe der Sequenzierung können Sie möglicherweise tatsächlich die Variabilität in der Wiederholungslänge finden, wenn Ihre Lesevorgänge lang genug sind. Laut Wikipedia sind die SSRs 2–5 bp lange Motive, die 5–50 Mal wiederholt werden. Die maximale Länge wäre also 250 bp, was eine einfache Aufgabe ist. Sie könnten also den Anteil der SSRs mit einer bestimmten Länge aus einer gepoolten Stichprobe ermitteln und eine Längenverteilung erhalten. Dies ist recht einfach, wenn Sie den Ort der Wiederholungen kennen und spezifische Primer für die Sequenzierung verwenden.
Wenn Sie jedoch den genauen Ort Ihrer SSRs nicht kennen und zufällige RNA/DNA-Fragmentierung und Gesamt-RNA/DNAseq durchführen, ist dies möglicherweise nicht so einfach möglich.
Auf jeden Fall denke ich, dass es einfacher ist, den Locus zu bestimmen und eine gezielte Sequenzierung in einer gepoolten Probe durchzuführen, als eine Einzelzell-RNAseq durchzuführen (zumindest wenn das Ziel darin besteht, eine Wiederholungslängenverteilung zu erhalten).
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