Einige grundlegende Unklarheiten, die mich verwirren. Ich habe 5'UTR-, CDS-, 3'UTR- und Exon-Sequenzen separat von Biomart für ein Gen P4HA2 (Homo sapiens) heruntergeladen und einige einfache Sequenzwiederholungen (SSR) darauf gefunden. Während es eine Wiederholung x auf der Exon-Sequenz gibt, war sie nicht auf der 5'UTR, 3'UTR und der kodierenden Sequenz (oder CDS) des Gens lokalisiert. Soweit ich mich erinnere, sind die Exonsequenzen mit der codierenden Sequenz identisch, mit Ausnahme des ersten und letzten Exons, die Teile von 5'UTR bzw. 3'UTR sind, habe ich recht? Könnten Sie mir bitte helfen herauszufinden, wie das erwähnte Ereignis möglich ist? Danke
Soweit ich mich erinnere, sind die Exonsequenzen mit der codierenden Sequenz identisch, mit Ausnahme des ersten und letzten Exons, die Teile von 5'UTR bzw. 3'UTR sind, habe ich recht?
Nicht unbedingt. Die UTRs können aus mehreren Exons zusammengesetzt sein und es kann ein Exon geben, das sich über beide Seiten des Startcodons erstreckt, dh es ist sowohl Teil der 5'UTR als auch der CDS. Ebenso kann ein Exon beide Seiten des Stoppcodons überspannen.
Ein Grund dafür, warum Sie Ihr Repeat keinem der Bereiche der mRNA zuordnen können, könnte sein, dass Ihr Repeat in ein Exon fällt, das das Start/Stopp-Codon umspannt. Die Wiederholung selbst kann diese Stellen überspannen. Sie müssen zusätzliche Details angeben, wie z. B. die Position des Repeats, die Größe des Repeats und auf welches Exon es abgebildet wird. Erwähnen Sie auch, welche Referenzgenomdatei Sie verwenden.
Die codierende Region ist die Region des codierenden DNA-Strangs, der in ein Produkt translatiert wird. Dies ist gleichbedeutend mit der Exon-Region. Die 5'-untranslatierte Region und die 3'-untranslatierte Region sind genau das, und obwohl sie einer wenig verstandenen Funktion bei der Replikation dienen, werden sie nicht in ein Protein translatiert. "kodierende Region" ist kein Begriff, den ich weit verbreitet gehört habe, obwohl ich ein Neuling als Molekularbiologe bin.
Kanadier
AMR
Maria