Wenn es um Arten von genetischen Markern geht, werden häufig die Adjektive „dominant“ und „codominant“ verwendet. Ich verstehe ihre Definitionen nicht vollständig und habe widersprüchliche Definitionen gefunden.
Foll und Gagiotti (2008)
Typischerweise lesen sie von Foll und Gagiotti (2008) und geben zwei Beispiele für Marker jedes Typs an
Dieser Reddit-Beitrag weist darauf hin, dass RFLP kodominante Marker sind (anders als in Foll und Gagiotti (2008) angegeben).
Wageningenur
Auf wageningenur.nl (zufällige Website, von der ich noch nie zuvor gehört habe) definieren sie dominante und kodominante Marker basierend auf der Genexpression, was darauf hindeutet, dass die Begriffe dominant und kodominant, die für Marker verwendet werden, dieselbe Definition haben wie die, die für allelische Effekte auf den Phänotyp verwendet werden (Dominanz, Rezessivität, Überdominanz usw.).
Fragen
Was sind die Definitionen von dominanten und co-dominanten genetischen Markern?
Können Sie bitte Beispiele für jeden Typ nennen und erklären, warum sie in die eine oder andere Kategorie passen?
Haben die Begriffe dominant und kodominant die gleiche Definition, wenn sie zur Beschreibung eines Markers und zur Beschreibung allelischer Wirkungen auf den Phänotyp (Dominanz, Rezessivität, Überdominanz usw.) verwendet werden?
Aus Wikipedia
Wenn das genetische Muster von Homozygoten von dem von Heterozygoten unterschieden werden kann, spricht man von einem co-dominanten Marker.
Diese Definition scheint sich von derjenigen zu unterscheiden, die zur Erklärung allelischer Effekte verwendet wird. Wie Sie beispielsweise wissen, ist ein SNP im Grunde ein Merkmal der DNA-Sequenz. Es ist eher ein Genotyp als ein Phänotyp. Marker sollen Phänotypen sein (kann auch ein molekularer Phänotyp sein, z. B. ein Marker für Stammzellen usw.). SNPs erzeugen allelische Varianten, aber sie können zu unterschiedlichen Phänotypen beitragen oder auch nicht. Folglich können die allelischen Varianten gegenseitig Dominanz oder Co-Dominanz aufweisen. Nach der in der klassischen Genetik verwendeten Definition können Sie SNP also nicht als "dominanten" / "co-dominanten" Marker bezeichnen.
Das ist eine seltsame Verwendung der Terminologie, aber die Leute haben es getan, damit die Tat nicht rückgängig gemacht werden kann. Ich würde die zukünftige Verwendung solcher irreführender Begriffe vermeiden. Allerdings würde SNP der Definition eines "kodominanten Markers" entsprechen, wenn es durch DNA-Sequenzierung beobachtet wird.
Ich persönlich würde RFLP als Technik und nicht als Marker an sich betrachten . RFLP kann verwendet werden, um SNPs zu differenzieren, aber manchmal kann es nicht einmal verschiedene stark sichtbare Phänotypen auflösen (seine Wirksamkeit hängt im Wesentlichen vom Polymorphismus an den Restriktionsstellen ab). Heterozygote würden jedoch im Vergleich zu Homozygoten ein anderes Bandenmuster aufweisen. Es sollte also ein "co-dominanter" Marker sein.
AFLP ist meines Wissens einfach eine PCR-Amplifikation von Restriktionsfragmenten. Es wäre aus den gleichen Gründen "co-dominant". Jedoch würde nur ein Screening auf PCR-Basis nicht zwischen Homozygoten und Heterozygoten unterscheiden und wäre somit ein "dominanter" Marker. Auch dies sind Techniken und nicht im eigentlichen Sinne "Marker", während SNPs und Mikrosatelliten tatsächliche DNA-Merkmale sind. Diese können also nicht einmal verglichen werden. Eine Technik kann, abhängig von ihrer Auflösung, gemäß diesen Definitionen „dominant“ oder „co-dominant“ sein.
Für allgemeines Interesse
Ich möchte noch einmal betonen, dass diese Definitionen aus den oben genannten Gründen ziemlich fehlerhaft und daher irreführend sind (sie mögen zu einem bestimmten Zeitpunkt in Ordnung gewesen sein, sind aber jetzt veraltet). Bitte vermeiden Sie deren Verwendung in Ihren Unterlagen und Berichten und weisen Sie nach Möglichkeit auf diese Mängel hin, damit sie sich nicht ausbreiten.
Remi.b
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