ExAC Browser: Was bedeutet eine „zweifelhafte Variantenannotation“? [geschlossen]

Kurz gesagt, Sie erwarten eine mehr oder weniger einheitliche Abdeckung der Lesevorgänge. Wenn Sie also einen systematischen Unterschied in den Qualitätswerten oder der Abdeckung für Minor- und Major-Allele oder für Vorwärts- und Rückwärtsstrang sehen, könnte es sich um eine SNV handeln, aber höchstwahrscheinlich handelt es sich um ein technisches Problem. Das ist eine "zweifelhafte Variante".

Viele solcher Vorurteile werden in " Genotype and SNP-Calling from next-generation sequencing data " beschrieben:

Andere Arten der Filterung auf der Grundlage von Abweichungen vom HWE – im Allgemeinen niedrige Qualitätswerte, systematische Unterschiede in den Qualitätswerten für Haupt- und Nebenallele, abweichende LD-Muster, extreme Lesetiefen, Strangverzerrung usw. – können ebenfalls zur Verbesserung der Genauigkeit beitragen von Genotyp und SNP-Calling. Die geeigneten Filter hängen vom Sequenzierungsprotokoll und den vorgeschalteten Analysen ab. Beispielsweise könnte eine Stelle mit Strangverzerrung (bei der eine unverhältnismäßige Anzahl von Plus- und Minussträngen beobachtet wird) ein Hinweis auf eine problematische Stelle sein, die fehleranfälliger ist und herausgefiltert werden sollte. Wenn die Sequenzierung jedoch an erfassten Sequenzen durchgeführt wurde, wie sie beispielsweise für die Exomerfassung verwendet wurden, ist die Verzerrung möglicherweise kein Hinweis auf eine problematische Stelle, sondern eher ein Artefakt des Erfassungsarrays.

Update Ich habe gerade eine Antwort von ExAC erhalten:

„LC LoF“ bedeutet, dass die Variante als Variante mit geringem Vertrauensverlust der Funktion markiert wurde. Wenn Sie auf der Variantenseite auf das Dropdown-Menü „Transkripte“ klicken, wird der Grund angezeigt, warum die Variante für dieses Transkript von geringem Vertrauen ist. In In diesem Fall wurde es als "END_TRUNC" gekennzeichnet. Eine Erklärung der LoF-Filter finden Sie hier: https://github.com/konradjk/loftee