Was ich herausfinden möchte, ist der Beginn der Transkription für ein bestimmtes Gen, wie lange die UTR dauert, bevor die eigentliche codierende Sequenz beginnt.
Ich habe mir verschiedene Datenbanken wie NCBI Gene, Refseq oder eine spezialisierte wie PRODORIC angesehen. Aber keiner von ihnen enthält tatsächlich die mRNA-Sequenz oder Informationen über die nicht übersetzten Teile der mRNA. Nur die Codierungssequenz selbst.
Wird diese Art von Informationen für viele Bakterien einfach nicht kommentiert? Ich schaue nicht auf Modellorganismen wie E. Coli oder B. subtilis, aber ich hätte erwartet, dass einige Informationen verfügbar sind.
Gibt es eine Datenbank, in der ich die tatsächlichen Transkriptsequenzen für prokaryotische Gene finden kann?
Fügen Sie dies zu Ihrer NCBI-Abfrage hinzu: AND mrna[filter]
Wenn es in den großen Datenbanken nicht verfügbar ist, ist es möglicherweise nicht bekannt.
Es kann jedoch schwierig sein, mRNA-Daten selbst in diesen großen Datenbanken zu finden, aber sie sollten vorhanden sein. Ich wäre überrascht, wenn das der Fall wäre, aber da Sie nicht mit Modellorganismen arbeiten, ist möglicherweise nichts verfügbar.
Wenn Sie nach einem Transkript-Gen suchen, hat NCBI einige Tipps, die Sie hier sehen können, um ihre Datenbank zu durchsuchen . #8 könnte für Sie relevant sein, da es eine Möglichkeit ist, ausschließlich mRNA-Datensätze zu filtern.
Wenn für dieses Gen und diesen Organismus kein UniGene-Cluster vorhanden ist, führen Sie eine Suche in der Nucleotide-Datenbank mit dem Gennamen, Produktnamen oder Symbol durch. Schließen Sie den Organismus in die Suche ein, um die relevantesten Ergebnisse zu finden, und filtern Sie beispielsweise nach Transkriptsequenzen:
Cytochrome c AND bullfrog[orgn] AND mrna[filter].
Basic: ExPasy DNA-Übersetzungstool
Fortgeschritten: Regna 2
Unter der Annahme, dass erweiterte Abfragen nicht verraten, was Sie benötigen, können Sie möglicherweise einige nützliche Vorhersagen treffen, bevor Sie es ins Labor bringen. Es gibt eine Handvoll anderer Vorhersagetools , die Ihnen vielleicht helfen können, wenn dies die einzige verfügbare Option ist. Ich kann mir nicht genau vorstellen, welche Informationen Sie als Eingabe haben. Angenommen, Sie haben die DNA-Sequenz, würde ich mit der offensichtlichen Wahl beginnen: dem ExPasy DNA-Übersetzungstool .
Ich würde dann sagen, dass regrna 2 Sie in Bezug auf subtilere Übersetzungselemente in die richtige Richtung lenken kann.
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