Wie viele Gene hat D. melanogaster?

Offensichtlich gibt es keine 100% genaue Zahl, aber ich bin auf Flybase darauf gestoßen , dem Goldstandard für Anmerkungen. Jetzt bin ich verwirrt. "Gene lokalisiert am Genom", ist das was ich suche? Wenn ja, was bedeutet "Gene, die nicht im Genom lokalisiert sind"?

Ich vermute, dass die Gene, die sich nicht im Genom befinden, diejenigen sind, die keinem bestimmten Chromosom zugeordnet werden können, sondern Teil eines nicht zugeordneten Contigs sind. Sie können das aus der GTF-Datei sehen, aber die Zahl stimmt nicht mit den hier gezeigten Statistiken überein . Tatsächlich gibt die Statistikseite insgesamt 32078 Genaufzeichnungen an, aber die GTF hat nur 17716 (was mit den Genen identisch ist, die sich im Genom befinden, einschließlich nicht kartierter Contigs und Mitochondrien). Ich vermute also, dass die anderen Gene nur in der Transkriptomanordnung vorhanden sind und keinem Genom-Contig zugeordnet sind
@WYSIWYG bezieht sich auf Gene und Phänotypen aus der Literatur, bevor das sequenzierte Genom vorliegt.

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BEARBEITEN

Persönliche Korrespondenz mit dem Vertreter von FlyBase.org

In FlyBase sammeln wir seit über 20 Jahren Informationen über Gene und Phänotypen, einschließlich Informationen aus älteren Veröffentlichungen und Ressourcen. Wir annotieren Genmodelle auf der Genomanordnung von Drosophila melanogaster und verknüpfen diese Annotationen, wenn möglich, mit anderen Informationen (z. B. Phänotyp, Funktion usw.), die über das Gen bekannt sind. In einigen Fällen, insbesondere bei Genen und Phänotypen, die in der älteren Literatur beschrieben wurden, bevor das Genom sequenziert wurde, haben wir jedoch noch einige Informationen über diese Gene, konnten diese Informationen jedoch nicht mit einer Genomannotation in Verbindung bringen. Das sind sogenannte unlokalisierte Gene (dh solche ohne Annotation zum Genom).

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