Ich habe genetische Daten im .structure- und .vcf-Format (und kann andere Formate mit PGDSpider leicht erreichen ). Die interessierende Population ist strukturiert, und ich möchte die durchschnittliche Anzahl paarweiser Unterschiede (über ein bestimmtes Fenster) zwischen einem beliebigen Paar von Populationen berechnen.
Gibt es ein vorhandenes Tool, das dies tun würde?
In Bezug auf die andere Bioleiterfrage möchte ich Sie auf diese Pakete hinweisen;
Hier ist ein Tutorial, das dem, was Sie fragen, sehr ähnlich ist. Es verwendet einige der oben genannten Pakete. Hauptsächlich AnnotationHub, GenomicRanges und VariantAnnotation.
Wenn Sie das Handbuch dieser Pakete wünschen, sind sie auf den verlinkten Seiten verfügbar.