Hintergrund
Ein klassisches Ergebnis der Populationsgenetik ist, dass die Fixierungsrate von netechten Allelen die Mutationsrate ist . Der Grund ist, dass jede Generation Mutationen gelangen in die Bevölkerung, wo ist die Ploidiezahl (z. B. 2 für Diploide) und ist die effektive Populationsgröße. Die Wahrscheinlichkeit, dass jede neutrale Mutation eine Fixierung erreicht, ist einfach ihre Häufigkeit . Wenn die Mutation auftritt und daher ist die Fixierungsrate:
Dieses Ergebnis wird typischerweise in der Phylogenetik sehr häufig verwendet, da man nur unter der Annahme einer konstanten Mutationsrate die Divergenzzeit zwischen zwei bestehenden Linien schätzen kann.
Das Obige wird auch auf wiki>fixation_rate erklärt
Frage
Wie robust ist das Ergebnis ?
Ich verstehe, dass das Ergebnis ist unabhängig von der effektiven Populationsgröße, aber auch unabhängig von..
Die Antwort auf Ihre Überschriftsfrage lautet: Nein, die Fixierungsrate entspricht nicht immer der Mutationsrate für neutrale Allele. Zum Beispiel:
Die Fixierungsraten für neutrale Allele werden bei konstanter Mutationsrate durch Änderungen der Populationsgröße beeinflusst. Im Allgemeinen sind die Fixierungsraten in wachsenden Populationen niedriger ( Waxman 2012 ).
Dies ist instinktiv sinnvoll, wenn Sie die Fixierungswahrscheinlichkeit einer einzigen Generation eines neutralen Allels berücksichtigen, das nur bis auf eine Kopie in der Population existiert, dh das gemeinsame Allel (A) existiert bei 2N(t)-1 Kopien, während die weniger gemeinsames Allel (a) existiert bei 1 Kopie. Nehmen wir zur Vereinfachung eine vollständige zufällige Paarung an. Bei negativem Bevölkerungswachstum (z. B. N(t+1) = 0,9N(t)) gibt es 0,9*(2N) Stellen, an denen das seltene Allel möglicherweise bei t+1 existieren könnte, und es hat eine 1/(2* N(t)) Chance, jeden von ihnen zu füllen. Unter positivem Bevölkerungswachstum (z. B. N(t+1) = 1,1*N(t)) könnte das seltene Allel potenziell 1,1*(2N) Plätze bei t+1 einnehmen, hat aber immer noch 1/(2*N(t )) Chance, jeden von ihnen zu füllen. In diesem Fall ist klar, dass A unter positivem Bevölkerungswachstum eine geringere generationsbezogene Fixierungswahrscheinlichkeit hat als unter negativem Bevölkerungswachstum, einfach, weil das seltene Allel eine erhöhte Chance hat, hartnäckig zu bestehen. Der Befund gilt für alle Allele in der Nähe der Fixierung.
Wenn ich Kim und Stephan (2000) richtig verstanden habe , dann werden auch die Gesamtfixationsraten durch die Hintergrundselektion reduziert. Der Hauptmechanismus dafür besteht darin, dass die Hintergrundselektion verbundene neutrale Allele entfernt, die Gesamtheterozygotie verringert und dadurch die Wahrscheinlichkeit verringert, dass sich ein neues, seltenes Allel etabliert. Dasselbe gilt sicherlich auch für selektive Sweeps, bei verknüpften neutralen Allelen.
Dexter
Remi.b
Wright-Fisher game? Es ist unabhängig vonDexter
Remi.b