Innerhalb und zwischen allelischer Klassendiversität

So wie ich gelesen habe, was Sie geschrieben haben, wäre z(1-z) in einen Satz übersetzt die Häufigkeit der neutralen Variante (z) mal der Häufigkeit aller anderen möglichen Varianten (1 - z) zum bestimmten Zeitpunkt t.

Die Nukleotiddiversität ist dann der Durchschnitt von 2 Mal der Summe aller Häufigkeiten neutraler Varianten (z) mal der Häufigkeit aller anderen möglichen Varianten (1-z) für alle Zeiträume, bis entweder keine Änderung mehr auftritt in der Sequenz oder das Allel geht verloren (was im Laufe der Evolution passieren kann, insbesondere wenn die Allelklasse eine schädliche Variante ist oder das heterozygote Allel genügend Expression zur Maskierung bietet).

Für mich klingt das so, als würde das Ergebnis die Wahrscheinlichkeit sein, dass die neutrale Variante im Laufe der Zeit existiert, die eine Zahl zwischen 0 und 1 sein sollte . Wenn z 1 wäre, würde das bedeuten, dass die neutrale Variante immer der Fall ist, also ist die Häufigkeit anderer Varianten 0 , was 2* 1(1-1) = 0 ergibt , was für mich Sinn macht, da dies bedeuten würde, dass es keine Nukleotiddiversität gibt . Diese Sequenz ist immer diese Sequenz, und daher gibt es keine Sequenzdiversität.

Da dies so aussieht, als würde es sich um Häufigkeitsverteilungen handeln, denke ich, dass die gesamte genetische Vielfalt die Wahrscheinlichkeit aller verschiedenen Allelklassen impliziert, aus denen ein Allel besteht. Wenn Sie also Klasse eins mit der Häufigkeit x und Klasse zwei mit der Häufigkeit y haben, klingt es so, als wäre die Gesamtdiversität die Wahrscheinlichkeit der neutralen Variante von x und die Wahrscheinlichkeit der neutralen Variante y.

Wenn Sie die Wahrscheinlichkeit mehrerer Ereignisse betrachten, multiplizieren Sie im Allgemeinen die Wahrscheinlichkeit eines Ereignisses mit der Wahrscheinlichkeit des anderen Ereignisses. Als Ergebnis neige ich dazu zu sagen, dass die Nukleotiddiversität innerhalb der Klassen πA das 2-fache des Durchschnitts der Summe der Häufigkeit von x mal der Häufigkeit von y ist, oder 2∑ x(1-x)(1-y) + y(1-y) oder faktorisiertes 2∑ (x(1-x) + y)(1-y) oder in Worten die Within Class Diversity (πA)ist 2-mal der Durchschnitt der Häufigkeit von x als neutrale Variante multipliziert mit der Häufigkeit aller anderen Varianten, wenn x die neutrale Variante ist, multipliziert mit der Häufigkeit aller anderen Varianten, wenn y die neutrale Variante ist, plus die Häufigkeit von y als neutrale Variante mal die Häufigkeit aller anderen Varianten, wenn y die neutrale Variante ist.

Ich denke, dass der Grund dafür darin besteht, dass aus Gründen des selektiven Drucks x bevorzugt werden könnte. Wenn also die Variante y ist, werden einige dieser Varianten (möglicherweise alle) x sein, also durch Multiplikation Die Diversität innerhalb der Klasse von x durch die Häufigkeit aller Varianten, wenn die Klasse y ist, impliziert, dass es weniger Diversität innerhalb der Klasse gibt, als wenn Sie nur die Häufigkeitswahrscheinlichkeiten addieren würden.

Eine Sache, die ich tun würde, ist eine Suche durchzuführen, um zu sehen, ob eine Korrektur zu diesem Artikel veröffentlicht wurde, da die Formel einen Fehler enthielt. Das könnte zur Klärung beitragen. Beachten Sie auch, dass ich mich in meiner Einschätzung irren könnte, da ich keinen Zugriff auf das eigentliche Papier habe, auf das Sie verwiesen haben.

Viel Glück beim Ausarbeiten.

Der Begriff allelic classwird in Innan und Tajima (1997) definiert.

Angenommen, an einer bestimmten Stelle befinden sich zwei Nukleotide, sagen wir A und T. Dann können wir DNA-Sequenzen in zwei Klassen einteilen: Eine Klasse enthält Sequenzen mit A und die andere enthält Sequenzen mit T an dieser Stelle. Wir nennen eine solche Klasse eine allelische Klasse

Zwei Elemente, die (zumindest für mich) in dem Artikel irreführend waren

1. Implizit definieren sie in der interessierenden Veröffentlichung ( Charlesworth et al. 1997 ) allelische Klassen für eine Stelle, von der bekannt ist, dass sie selektiert wird (und die nur bi-allelisch sein kann). Das Konzept der allelischen Klasse bezieht sich nicht auf eine polymorphe neutrale Stelle, die sie betrachten, sondern immer auf die gleiche Stelle (diejenige, die ausgewählt wird).

2. Die Formel hat eine zusätzliche Klammer. Die eigentliche Formel sollte sein$2 \sum x_t(1-x_t) + y_t(1-y_t)$.

Was ist$x$und$y$?

Betrachten Sie einen polymorphen (bi-allelischen) Locus (der nicht selektiert wird) und berechnen Sie die Häufigkeit eines Allels in der ersten Allelklasse (definiert für die selektierte Stelle) (dies ist$x$) und berechnen Sie die Häufigkeit des gleichen Allels in der anderen Allelklasse$y$. Mit anderen Worten, nehmen Sie an, dass die ausgewählte Person zwei Allele hat$A$und$B$und der neutrale Locus hat zwei Allele$a$und$b$.$x$ist die Häufigkeit von Sequenzen, die enthalten$A$die auch enthalten$a$und$y$ist die Häufigkeit von Sequenzen, die enthalten$B$das enthält auch$a$.

Bedeutung der Formel

Die Formel ist nur die Summe der erwarteten Heterozygotie innerhalb jeder Allelklasse.

$$2x(1-x) + 2y(1-y) = 2 (x(1-x)+y(1-y))$$ . Dann müssen wir nur über alle Zeitschritte summieren, in denen der neutrale Ort polymorph ist, und wir erhalten $$\pi_A = \sum_{i=1}^T 2 (x_t(1-x_t) + y_t(1-y_t)) = 2 \sum x_t(1-x_t) + y_t(1-y_t)$$ , wo $x$und $y$sind nun Funktion des Augenblicks (Zeit) betrachtet und $T$ist die Gesamtzahl der Zeitschritte.

Welche Werte können$\pi_A$nehmen?

Dieses Maß nimmt Werte zwischen 0 und an$T$wie alle$x_t$und$y_t$Nehmen Sie Werte zwischen$0$und$1$(und deshalb$x(1-x)$und$y(1-y)$Werte zwischen 0 und 0,5 annehmen). Teilen Sie das Ganze durch$T$ergibt ein Maß, das zwischen 0 und 1 gebunden ist.

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Ohne die Hilfe von @AMR hätte ich das nicht verstehen können. Vielen Dank