Hardy-Weinberg-Gleichgewicht verallgemeinert, um Inzucht hinzuzufügen (nicht zufällige Paarung)

Hintergrund

Zitat aus Gillespies Buch

Der Grad der Inzucht wird durch den Inzuchtkoeffizienten gemessen, F ICH , das ist die Wahrscheinlichkeit, dass zwei Allele in einem Individuum durch Abstammung identisch sind.

Die beiden möglichen Allele sind A 1 Und A 2 und ihre Frequenzen sind P Und Q = 1 − P , bzw. Gillespie fährt fort und gibt die erwarteten Genotyphäufigkeiten an P (Und Q ) Und F ICH

G e N Ö T j P e A 1 A 1 A 1 A 2 A 2 A 2 F R e Q u e N C j P 2 ( 1 − F ICH ) + P F ICH 2 P Q ( 1 − F ICH ) Q 2 ( 1 − F ICH ) + Q F ICH

Frage

Können Sie mir bitte helfen zu verstehen, warum dies die geeigneten Genotypfrequenzen sind?

Beispiel was mir unklar ist

Nach der Definition von F ICH , ich hatte erwartet, dass die Häufigkeit von ` A 1 A 2 (Und A 2 A 1 ) wäre ( 1 − F ICH ) , das ist die Häufigkeit (oder Wahrscheinlichkeit), dass zwei Allele in einem Individuum nicht durch Abstammung identisch sind. Ich habe das Gefühl, dass die oben angegebene Definition falsch ist. Sollte es eher so etwas wie das Gewicht für die Probenahme wie Einzelpersonen sein? Das heißt, wenn es nur zwei mögliche Partner gäbe, einen A 1 A 1 und eines, das beides ist A 1 A 2 oder A 2 A 2 , dann die Wahrscheinlichkeit für a A 1 A 1 Individuum, um sich mit dem anderen zu paaren A 1 A 1 Ist F ICH .

Antworten (1)

Sie sind verwirrt, weil Sie nicht zwischen „identisch“ und „identisch durch Abstammung“ unterscheiden können. Einige Allelpaare wären auch ohne Inzucht identisch.

Wir modellieren die Inzucht, indem wir Allelpaare als IDB – immer homozygot – oder nicht IDB – verteilt nach Hardy Weinberg klassifizieren. Die Häufigkeit eines Allelpaares, das A 1 , A 2 (oder A 2 , A 1 ) ist, ist somit die Häufigkeit unter HWE (2pq) multipliziert mit der Wahrscheinlichkeit, dass sie NICHT IBD (1-F I ) sind. Und umgekehrt kann ein Paar homozygot und nicht IBD sein – bei der Frequenz p 2 (1 – F I ) oder weil sie IBD sind – bei der Frequenz p F I .

+1 Oh..ok! Das stört mich ein wenig. Das Konzept von IBD hängt von einer willkürlichen Zeit in der Vergangenheit ab, über die hinaus, wenn eine Koaleszenz auftritt, wir die beiden Allele immer noch IBS (Identical by State) und nicht IBD nennen (ich könnte Hartl und Clark zitieren, denke ich, aber ich habe das Buch nicht heute bei mir). Habe ich recht?
Ja, aber diese Modelle sind nur einfache Annäherungen. Konzepte wie Zeit und Koaleszenz existieren nicht einmal in der perfekten binomischen Welt von Hardy Weinberg :)
OK. Ich fühle mich mit den Definitionen von IBD und IBS nicht 100% klar, also habe ich gerade "Identity By Descent vs Identity By State" geöffnet . Vielen Dank für Ihre Hilfe
Hardy-Weinberg-Gleichgewicht verallgemeinert, um Inzucht hinzuzufügen (nicht zufällige Paarung)
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