Ich habe Pflanzengenotypen, die als Invasive, Wildoder klassifiziert wurden Domestic. Ich versuche zu untersuchen, welche erklärenden Variablen (wie "Blattgröße", "Blütenblattbreite" und andere kontinuierliche Variablen) die Wahrscheinlichkeit beeinflussen, einer der drei Gruppen zugeordnet zu werden. Ich muss also eine multinomiale logistische Regression durchführen. Ich möchte jedoch die phylogenetische Nicht-Unabhängigkeit mithilfe einer Verwandtschaftsmatrix berücksichtigen.
Gibt es R-Tools, die eine solche Regression durchführen können?
Ich habe zum Beispiel über lmekin nachgedacht , aber ich glaube nicht, dass es eine Antwort gibt, die 3 verschiedene Kategorien annehmen kann. apeGibt es eine Funktion, die mich interessieren würde ( zum Beispiel im Paket)?
Wenn Sie bereit sind, eine Bayes'sche Modellanpassung durchzuführen, ist dies wahrscheinlich möglich, erfordert jedoch einiges an Herumbasteln, um sicherzustellen, dass die Modelle Ihren Vorstellungen entsprechen. Stan (über rstan oder brms ) kann multinomiale logistische Regressionen anpassen ( Eine Demo von Thinkinator ).
Wenn Sie diese Modelle in reinen Stan-Code umwandeln können, können Sie die phylogenetische/Verwandtschafts-/willkürliche Korrelationsstruktur in das Modell integrieren, indem Sie diesem Beispiel auf Github ( oder diesem ) folgen . Ich hatte mehr Glück, dass die phylogenetische Regression in reinem Stan richtig funktioniert, als über Komfortfunktionen.
Remi.b