Was sind die Einheiten von Phylogenetic Independent Contrasts (PICs)?

PICs sind eine beliebte phylogenetische Vergleichsmethode, und ich habe mich gefragt, in welchen Einheiten die tatsächlichen Kontraste liegen. Ich möchte sagen, dass sie einheitenlos sind, aber ich bin mir nicht ganz sicher.

Skalierst du die Daten?
@Oreotrephes Ja, ich skaliere es anhand der Astlängen

Antworten (1)

Soweit ich weiß, lautet die Antwort; es kommt darauf an . Wie Sie im Kommentar zu Remi.b hervorheben, werden Kontraste durch Zweiglängen (von denen angenommen wird, dass sie proportional zur "Evolutionszeit" sind) standardisiert, bevor sie analysiert werden (um standardisierte unabhängige Kontraste zu erhalten ). Verzweigungslängen können jedoch aus verschiedenen Quellen stammen (Divergenzzeiten, genetische Ähnlichkeit usw.), auf verschiedenen Evolutionsmodellen beruhen und auch transformiert sein (log usw.). Daher kann man im Allgemeinen nicht sagen, was die Einheiten standardisierter unabhängiger Kontraste sind. Sie wären jedoch wahrscheinlich nicht dimensionslos, da Astlängen selten (wenn überhaupt?) in denselben Einheiten wie die Rohkontraste ausgedrückt werden. Einheiten wie log(kg)/Jahroder kg/log(year) sind wahrscheinlicher. Letztendlich geht es beim Standardisieren im Normalfall darum, sicherzustellen, dass alle Kontraste in der Analyse das gleiche Gewicht erhalten, und das Erstellen geeigneter Astlängen kann ein Trial-and-Error-Prozess sein, bei dem Sie beispielsweise das Verhältnis zwischen Standardisierung untersuchen Kontraste und die Standardabweichung von Kontrasten, um zu sehen, ob sie ausreichend standardisiert wurden.

Ich denke, man könnte den Vorgang so beschreiben:

  1. Kontraste berechnen
  2. standardisierte Kontraste berechnen (unter Verwendung von Astlängen)
  3. Wenn die Kontraste entsprechend standardisiert sind, haben Sie phylogenetisch unabhängige Kontraste erhalten .

Hier sind ein paar relevante Zitate von Garland et al., 1992 :

...unabhängige Kontraste müssen ausreichend normiert werden, damit sie in späteren Korrelations- oder Regressionsanalysen gleichgewichtet werden.

Auch

Zweitens sollte die statistische Angemessenheit vorgeschlagener Astlängen als empirisches Problem betrachtet werden (vgl. Grafen, 1989, 1992; Harvey und Pagel, 1991; Pagel und Harvey, 1992). Drittens können unterschiedliche Transformationen – und tatsächlich völlig unterschiedliche Zweiglängen, basierend auf unterschiedlichen Informationen – für unterschiedliche Zeichen verwendet werden. Die Verwendung unterschiedlicher Verzweigungslängen für unterschiedliche Zeichen wäre analog zur Verwendung unterschiedlicher Transformationen für die beiden Variablen in einer gewöhnlichen Korrelation oder Regression.

endlich

Standardisierte unabhängige Kontraste zeigen im Wesentlichen minimale durchschnittliche "Raten" (oder, in Booksteins [1988] Terminologie, "reduzierte Geschwindigkeiten") von Charakteränderungen an, die entlang zweier Zweige auftreten, die von einem gemeinsamen Vorfahren abstammen (Garland, 1992). Da sie standardisiert sind, geben sie keine absoluten Änderungsbeträge an. Beispielsweise kann ein großer Kontrast (absoluter Unterschied) zwischen zwei Arten an den Spitzen einer Phylogenie einen kleinen standardisierten Kontrast ergeben, wenn die Zweiglängen dieses Kontrasts lang sind.

Danke für deine Antwort. Ich dachte, es könnte (Maßeinheiten) / (Zeiteinheiten) sein, aber das kam mir seltsam vor, weil das die gleichen Einheiten wie die Raten sind. Kontraste als Raten zu betrachten, ist für mich nicht intuitiv, aber basierend auf dem letzten Absatz denke ich, dass sie das sind. Wie wär es damit!
Gute Antwort, die mir das Gegenteil bewiesen hat. +1 Ich habe meine Antwort gelöscht.