Unabhängige Kontraste mit nicht-homologen Merkmalen

Ich habe morphometrische Messungen für ein Merkmal verschiedener Tierarten und möchte die Beziehung zwischen der Größe dieses Merkmals und der Körpergröße der Tiere untersuchen. Theoretisch kann ich die Nicht-Unabhängigkeit der Daten mit phylogenetischen Methoden wie unabhängigen Kontrasten erklären. Allerdings habe ich sehr unterschiedliche Gruppen in meinem Baum (zum Beispiel Insekten und Eidechsen), und selbst innerhalb enger verwandter Gruppen sind die Strukturen oft nicht homolog. Stellt dies ein Problem für unabhängige Kontraste/phylogenetische kleinste Quadrate dar? Zum Beispiel ist die Struktur zwischen Ameisen und Fliegen nicht homolog, aber jeder (vernünftige?) Baum würde eine Fliege einer Ameise ähnlicher behandeln als einer Eidechse. Ist dies bei analogen Strukturen gerechtfertigt? Wenn nicht, gibt es Möglichkeiten, dieses Problem zu lösen?

Antworten (1)

Wenn Sie die PICs eines Merkmals berechnen, machen Sie eine Aussage darüber, wie sich dieses Merkmal entwickelt hat. Der Zweck von PICs besteht darin, der phylogenetischen Nicht-Unabhängigkeit Rechnung zu tragen. Wenn Sie jedoch zwei analoge Merkmale vergleichen, sind diese beiden Merkmale tatsächlich phylogenetisch unabhängig voneinander; sie haben keinen gemeinsamen Ursprung. Daher denke ich, dass es ein Fehler wäre, PICs an analogen Merkmalen durchzuführen, da diese Merkmale keinen evolutionären Ursprung haben.

Wie Sie mit diesem Problem umgehen, hängt von der spezifischen Frage ab, die Sie stellen. Eine Sache wäre, PICs für jedes Merkmal unabhängig nur für den Teil des Baums durchzuführen, in dem dieses Merkmal auftritt, damit Sie keine analogen Merkmale vergleichen.

Sie haben dies wahrscheinlich bereits gelesen, aber ich empfehle jedem, der es noch nicht getan hat, sich Felsensteins Artikel von 1985 anzusehen, in dem die PIC-Methode beschrieben wird.

Danke, das macht Sinn! Ich denke, Ihr Vorschlag ähnelt einer meiner Ideen: Im Wesentlichen könnte ich Gruppen bilden, in denen das betreffende Merkmal homolog ist, und alle diese Gruppen mit der Baumwurzel verbinden. Infolgedessen wäre die gemeinsame Verzweigungslänge zwischen Gruppen, über die das Merkmal analog ist, Null, und daher würden die Daten in einem PIC oder phylogenetischen kleinsten Quadraten als effektiv unabhängig behandelt, oder übersehe ich etwas?
@David Ich gebe zu, dass ich mir da nicht ganz sicher bin, aber ich denke, Sie sollten die Verzweigungslängen zwischen den Gruppen nicht auf Null setzen, da dies bedeuten würde, dass die Gruppen stark verwandt sind. Im Gegensatz dazu würde eine sehr große Einstellung der Verzweigungslängen implizieren, dass sie effektiv nicht miteinander in Beziehung stehen. Wenn ich es wäre, würde ich jedoch separate Analysen für jede Gruppe durchführen und nicht versuchen, sie dazu zu bringen, in eine phylogenetische Analyse zusammenzupassen
Entschuldigung, dass ich nicht sehr klar bin: Ich habe über die von Gruppen geteilte Verzweigungslänge gesprochen , bei der das Merkmal nicht homolog gleich Null ist, so dass es effektiv unabhängig oder nicht verwandt ist. Macht das für Sie mehr Sinn?
Unabhängige Kontraste mit nicht-homologen Merkmalen
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