Stammbaum

Dies ist keine vollständige Antwort, sondern um die Dinge ins Rollen zu bringen.

Ich glaube, ich sehe, was du willst; einen umfassenden "richtigen" Baum, mit dem Sie Ihren einzelnen Alignment-Baum vergleichen können?

Dazu fallen mir ein paar Antworten ein. Erstens gibt es keinen perfekten Weg, einen Stammbaum zu erstellen. Abgesehen von all den verschiedenen Entfernungsmetriken, die Sie verwenden könnten, und Algorithmen zum Sortieren großer Bäume, können die von Ihnen verwendeten Daten auch variieren, je nachdem, was Sie tun möchten. Sie können einige konservierte Gene für Vergleiche über große Entfernungen oder hochgradig veränderliche Sequenzen für kurze Entfernungen vergleichen, die jedoch Rauschen unterliegen.

Davon abgesehen ist ein Baum, der ribosomale RNA vergleicht, ein phylogenetischer Standard. Ebenso wie Bäume, die von mehreren Genen abgeleitet sind. Wenn Sie sehen möchten, ob Ihre Gene ungewöhnlich sind, können Sie ein paar andere Gene durch denselben Vergleich laufen lassen und sehen, ob die Bäume für Ihr Gen wesentlich variieren. Da die Tiere, die Sie vergleichen, auf dem Baum so weit voneinander entfernt sind, wird der relative Vergleich dem von Ihnen erstellten Baum ziemlich nahe kommen.

Wenn Sie versuchen, den Baum quantitativ mit einem Master-Baum zu vergleichen, wird das eine anspruchsvolle Aufgabe.

Sie können zu Wikispecies gehen und die Artenseite für jeden Organismus finden, z. B. die Mausseite . Dort können Sie auf die Schaltfläche Taxonavigation box Expand klicken und die Gruppennamen für den Organismus sehen. Wenn Sie die Namen für jeden Organismus vergleichen, erhalten Sie die ähnlichsten gemeinsamen, wodurch Sie den Baum erhalten.

Für den Baum zwischen den Säugetieren und den anderen beiden möchten Sie jedoch vielleicht einen Blick auf die Tree of Life-Webseite für Bilateria werfen . Ihre drei Gruppen fallen in Deuterostomia, Arthropoda und Nematoda; für diese finden Sie einen Baum für diese drei Gruppen. (Eigentlich zwei Bäume, aber für Ihre Gruppen bedeuten sie dasselbe.)

Nimmt man die heute vorherrschende Ecdysozoa -Hypothese an, sind die Zusammenhänge wie folgt:

               ____ Drosophila
              |
        ______|
       |      |____ C. elegans
       |
  -----|       ____ Human
       |      |
       |______|
              |____ Mouse

Nach den traditionelleren Ansichten (der Coelomata -Hypothese):

         _______________ C. elegans
        |
    ----|     __________ Drosophila
        |    |
        |____|       ____ Human
             |      |
             |______|
                    |____ Mouse

(Beachten Sie, dass diese Bäume dieselben nicht verwurzelten Topologien haben.)