Was macht einen guten Stammbaum aus?

Wie kann man einen Stammbaum verbessern? Wenn man den „goldenen Standard“ phylogenetischer Bäume erstellen sollte, welche Merkmale hätte er? Wäre es sehr zuverlässig, gut gelöst usw.? Welche anderen Merkmale sind wichtig, um maximiert zu werden, wenn es um die Verbesserung phylogenetischer Bäume geht?

Können Sie bitte Ihre beiden Fragen zu einer zusammenführen, da diese stark miteinander verbunden sind? Außerdem solltest du vielleicht an deiner Einstellung arbeiten. Niemand hier ist verpflichtet zu antworten, daher möchten Sie wahrscheinlich die Verwendung von ASAP einschränken. Außerdem: Wie sieht Ihre eigene Recherche aus, was haben Sie herausgefunden?
Ich habe festgestellt, dass ein Stammbaum eine Schätzung der wahren evolutionären Beziehungen zwischen Arten ist. Daher können wir die Genauigkeit eines Baums nicht wirklich messen, weil wir den „wahren Wert“ nicht kennen, dh was das tatsächliche Muster der evolutionären Beziehungen ist. Mir ist bewusst, dass Bäume, die gut aufgelöst, mit mehreren Genen konstruiert und mit hoher Zuverlässigkeit/Wiederholbarkeit (angegeben durch hohe Bootstrap-Werte) als besser angesehen werden als andere, aber ich hätte gerne einige Referenzen, um meine Schlussfolgerungen zu untermauern, da ich das tue ein Abschlussprojekt. Eine objektive Liste dessen, was eine gute Phylogenie ausmacht, existiert möglicherweise nicht

Antworten (1)

Ein "guter" phylogenetischer Baum wäre vollständig verfeinert, richtig binär, hätte eine hohe Bootstrap-Unterstützung für alle seine Zweige und rekonstruiere Kladen, von denen wir glauben, dass sie mit hohen Unterstützungswerten existieren.

Im Allgemeinen sind hohe Unterstützungswerte (es gibt andere Methoden als Bootstrapping, aber das ist eine Frage für ein anderes Mal) ein Maß für einen guten Baum. Es gibt andere Bedenken, zum Beispiel ist ein Baum, der keine Felssteinzonen hat , wahrscheinlich besser als einer, der viele hat.

Wir können jedoch viel mehr über Bäume wissen, als Sie vermuten. Durch Simulationsstudien können wir Datensätze mit bekannter phylogenetischer Geschichte erstellen und dann sehen, wie gut die Methoden die Geschichte rekonstruieren. Es gibt immer noch Probleme (Fehler im verwendeten Modell, nur zufällige Fehler, ILS, HGT, andere Dinge), aber meistens sagt uns diese Art von Studie, wie gute Phylogenien aussehen.

Es ist sehr einfach, viele verschiedene Phylogenien zu erzeugen. Verwenden Sie unterschiedliche Methoden, unterschiedliche Modelle oder Annäherungsschemata, unterschiedliche Gene oder Sequenzen von jeder Art oder einfach "neue" Proben aus Ihrem vorhandenen Datensatz. Ein Phylogenetiker hat normalerweise Dutzende von Bäumen zur Auswahl, was selbst eine Art grobe Bootstrap-Methode ist. Wenn Bäume ähnlich aussehen, sind sie wahrscheinlich ziemlich gut. Wenn sie das nicht tun, haben Sie ein Problem.

Würden Sie bitte erläutern, was es bedeutet, wenn ein Baum „vollständig veredelt“ ist? Ich bin interessiert, aber nicht vertraut mit dem, worauf Sie sich hier beziehen.
Einige Methoden stellen Unsicherheit dar, indem sie interne Knoten erzeugen, die mehr als drei Verbindungen haben, und im Wesentlichen sagen: "Alle diese Gruppen sind ungefähr gleich ähnlich, ich kann ihre Anordnung nicht herausfinden". Das Finden einer Anordnung mit weniger dieser internen Knoten enthält mehr Informationen und wird als "Verfeinerung" des Baums bezeichnet. Der „Sternenbaum“, in dem alles gleichermaßen verbunden ist, ist der am wenigsten verfeinerte Baum und enthält keine Informationen. Der "vollständig verfeinerte" Baum ist richtig binär und hat die maximale Information.
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