Ich soll die relative Evolutionsrate von zwei Sequenzen (Mensch und Schaf) mit einem Huhn als Außengruppe berechnen. Die Sequenzen sind ziemlich lang, daher werde ich nur ein kurzes Beispiel erstellen, da ich nur den Prozess lernen möchte (es wird erwartet, dass wir Online-Ressourcen verwenden, um unsere Hausaufgabenprobleme zu lösen, da es sich um einen Online-Kurs handelt, aber ich kann keine finden Beispiele).
Mensch: GGATGCGCCT
Schaf: GGACGCGCCT
Huhn: GGACACGCCT
Kann mir jemand zeigen, wie man das macht? Hier ist meine Vermutung aus den begrenzten Informationen, die ich gefunden habe, aber ich habe wenig bis gar kein Vertrauen, dass sie richtig sind:
p-Abstand Mensch/Huhn = 2
p-Abstand Schaf/Huhn = 1
relative Evolutionsrate = 2/1 = 2
Ist das richtig? Wenn nicht, kann mir jemand zeigen, wie man es richtig macht?
So etwas wird normalerweise mit berechnet ratio , das Verhältnis von synonymen zu nicht-synonymen Substitutionen. Es reicht nicht aus, Mutationen für kodierende Sequenzen zu zählen, Sie sollten auch berücksichtigen, ob diese Mutation das resultierende Produkt tatsächlich verändert oder nicht.
Es gibt verschiedene Online-Tools, die Ihnen dabei helfen können, zum Beispiel Phylemon: