DNA-Mutationen in CHO-KI-Säugerzellen

Die Säugetierzelllinie CHO-K1 hat 24.383 Gene. Nach 70 Verdopplungen (von einer Ausgangszahl von Zellen, 1) sind insgesamt ~4.000 Mutationen in der Gesamtpopulation von Zellen aufgetreten (d. h. nicht alle in einer Zelle), aufgrund von fehlerhaften DNA-Bruchreparaturen (nicht-homologe Endverbindung), wobei die Mutationen zufällig über das Genom verteilt sind. Angenommen, 2 % des CHO-Genoms bestehen aus entscheidender genetischer Information (1,5 % kodierend und 0,5 % regulatorisch). Wie viele Gene sind von diesen Mutationen betroffen?

Mein Versuch:

Ich dachte, dass die Mutationen zufällig verteilt werden sollten und so 24383 * 70/4000 Gene betroffen sein könnten, aber geht das nicht davon aus, dass die Mutationen eine pro Gen sind und die betroffenen Bereiche tatsächlich wichtig für die Proteinexpression sind?

70 Verdopplungen ab Startzellenzahl = ?
Startzellenzahl = 1

Antworten (1)

Ich vermute, diese Frage ist viel einfacher, als sie sich darstellt, obwohl ich vielleicht nicht klar denke. Es spielt keine Rolle, mit wie vielen Zellen Sie beginnen oder wie viele Verdopplungen es gibt. Dabei spielt es auch keine Rolle, wie viele Gene jede Zelle hat. Es besteht eine Wahrscheinlichkeit von 2 %, dass eine zufällige Mutation „entscheidende genetische Informationen“ beeinflusst; Ich muss davon ausgehen, dass sich das auf Gene bezieht. So 0,02 4000 = 80 Es ist zu erwarten, dass Mutationen Gene beeinflussen.

Nur um wählerisch zu sein: Das Konzept des Gens ist immer etwas verschwommen und viele regulatorische Regionen sind so weit von den codierenden Regionen entfernt, dass viele die meisten regulatorischen Sequenzen nicht als Teil von Genen betrachten würden. Jedoch würden Introns, die in der anderen 98%-Kategorie liegen, ziemlich definitiv als Teil eines Gens betrachtet werden.
@ Remi.b Einverstanden, obwohl in diesem Fall anscheinend nicht genügend Informationen vorhanden sind, um die Frage zu beantworten. Oder vielleicht wird von ihnen erwartet, dass sie nur den Wert von 1,5 % für CDS verwenden.
Einige Definitionen eines Gens: en.wikipedia.org/wiki/Gene , aber es wäre besser, der Konvention zu folgen: ensembl.org/info/website/glossary.html , oder wenn das nicht ausreichend fesselt, dann vielleicht einige Video-Tutorials? vectorbase.org/tutorials/…