Ich habe Fasta-Sequenzen eines Virusproteins, das 2008 eine Mutation erlitten hatte, und diese Mutante hatte im Vergleich zum Wildstamm (laut Literatur) eine erhöhte Fitness. Ich möchte simulieren, ob meine Sequenzen 2009 eingereicht wurden (ich habe Sequenzen von 2009). und 2010) oder vor der Mutation und Simulation der nächsten Sequenzen, um zu überprüfen, ob die Mutantenpopulation wirklich die Mehrheit erreicht. Wie kann ich das tun? Mein Virus ist eine RNA -ss. Gibt es ein Tool, mit dem ich es grafisch darstellen kann? Oder vereinfachend ... Ich möchte die vergangenen und zukünftigen Sequenzen meines Datensatzes simulieren.
Ausgehend von der Beschreibung des Modells, an dem Sie interessiert sind, benötigen Sie wahrscheinlich keine numerischen Simulationen. Eine einfache analytische Erwartung könnte ausreichen. Aber wie auch immer, wenn Sie numerische Simulationen durchführen möchten (vielleicht möchten Sie nicht von Panmixia ausgehen), dann haben Sie eine Reihe von Möglichkeiten.
Der Simulator, den Sie benötigen, muss in der Lage sein, die Auswahl zu implementieren. Es muss daher ein Vorwärts-in-der-Zeit-Simulator und kein Koaleszenzsimulator sein. Ich persönlich habe mit 4 verschiedenen Forward-in-Time-Simulatoren Erfahrungen gemacht; SimBit , SLiM , SFS_code und Nemo .
Wenn ich mich nicht irre, kann SFS_code keine haploiden Individuen simulieren und ist wahrscheinlich langsamer als SimBit und SLiM. In SimBit, SLiM und Nemo können Sie auch keine Haploiden machen, aber Sie können die Klonrate auf 100 % setzen, was im Wesentlichen der Simulation von Haploiden entspricht.
Nach meiner Erfahrung und im Allgemeinen sind SLiM und SimBit schneller als Nemo. Da Ihre Mutationsrate hoch und Ihre Rekombinationsrate sehr niedrig sein wird (wird wahrscheinlich null sein), sollte SimBit sehr sehr schnell und SLiM relativ langsam sein. Außerdem bietet SimBit viel schönere Ausgaben für die Statistik, an der Sie interessiert sind, als SLiM.
Bitte beachten Sie, dass ich der Autor von SimBit bin und daher hier möglicherweise ein Interessenkonflikt besteht. Hier ist der Link zu SimBit .