Lernen Sie Bioconductor auf die harte Tour!

Zur Analyse populationsgenetischer Daten bin ich vor dem Hintergrund eines Theoretikers und eines Computerbiologen gekommen, aber nicht mit den Standardwerkzeugen, die ein Bioinformatiker (oder Empiriker in Populationsgenetik) kennt. Ich habe ziemlich gute Kenntnisse in R und in der Programmierung im Allgemeinen.

Ich suche nach einem Kurs/Tutorial zum Erlernen von Bioleitern (und anderen R-Tools zur Analyse genetischer Daten). Ein Kurs/Tutorial, das kurz und dicht ist und davon ausgeht, dass der Benutzer über gute Programmierkenntnisse verfügt. Ich bin sowohl mit einem Video als auch mit einem schriftlichen Tutorial zufrieden, obwohl ich ein schriftliches Tutorial etwas bevorzugen würde. Normalerweise ziele ich darauf ab, Daten zu strukturierten Populationen zu analysieren, wie z.

Es gibt eine ganze Reihe solcher Tutorials. Könnt ihr mir bitte Empfehlungen geben?

Bioconductor ist eine Quelle für Pakete. Sie können nach Tutorials zu Bioinformatik-Paketen in Bioconductor fragen, das wären die Vignetten. Aber ich verstehe nicht, was Sie mit Tutorials für Bioleiter meinen. Wenn Sie über populationsgenetische Daten verfügen, haben Sie es höchstwahrscheinlich mit Normalverteilungen zu tun. Es gibt Statistikpakete, die weitaus robuster sind als die meisten Pakete zum Thema Bioleiter. Diese Frage ist etwas unklar, was Sie tun möchten und welche Art von Daten Sie haben.

Antworten (1)

Ich empfehle das DESeq2-Tutorial unter:

http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

Ich denke, das ist ein guter Anfang für Sie, weil:

  • DESeq2 ist ein sehr beliebtes Paket. Sie erfahren, wie genau ein Bioinformatiker arbeitet.
  • Der Workflow beginnt mit Ausrichtungen und zeigt Ihnen, wie Sie Befehlszeilentools mit dem R-Paket verbinden
  • Es zeigt Ihnen, wie Sie MA-Plot, PCA-Plot usw. erstellen. Sie werden zu schätzen wissen, wie einfach solche Dinge in R zu tun sind.
  • Das Testen auf differentielle Genexpression ist sehr wichtig
  • Sie lernen, wie R die Programmierung durchführt. In R ist es beispielsweise eine gute Idee, ein Datensatzobjekt zu erstellen und so etwas zu tun:

obj <- .... # This is my R-object
obj <- fun1(obj) <- # Function 1 adds information to the object
obj <- fun2(obj) <- # Function 2 adds more information to the object

Ich kann das Format nicht korrigieren. Kann mir jemand helfen?
Ich habe versucht, die Formatierung zu korrigieren, aber die Formatierung sieht fehlerhaft aus.
@bli Entschuldigung, ich habe versucht, die Frage so gut wie möglich zu beantworten, aber ich habe irgendwie die Formatierung vermasselt.
Ich meine, es scheint nicht Ihre Schuld zu sein, dass die Formatierung verschraubt ist: Normalerweise funktioniert der 4-Leerzeichen-Einzug und es scheint mir, dass Sie es richtig gemacht haben. Oder vielleicht funktioniert die Code-Formatierung nach Auflistungen nicht?
@bli Ja. Ich habe versucht, Code zu formatieren, aber ich konnte es nicht zum Laufen bringen ...
Es scheint wegen zu geschehen <. Weiß nicht warum. Möglicherweise, weil es den Anfang von xml/html-Tags anzeigt.
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