Ich versuche, Strukturen in PDB-Einträgen mit ihren Sequenzen in Einklang zu bringen, wie sie in ihren chemList.polymer.dbrefEinträgen angegeben sind.
Bsp.: Berücksichtigung von Strukturen für HIV-Integrase:
PDB:3OS0Referenzen UNP:P14350, Schwerpunkt Integrase (len=391)
>sp|P14350|752-1143 CNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQ…NRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE
PDB:2B4JReferenzen UNP:P12497, Schwerpunkt Integrase (len=287)
>sp|P12497|1148-1435 FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGI…LLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
Warum sollten diese Sequenzen so unterschiedlich sein?!
und falls Sie denken, ich konzentriere mich auf ein bisschen Lärm: Es gibt 42 andere HIV-Integrase-Strukturen, die alle auf verweisen UNP:P14350, und 43 andere Strukturen, die auf verweisen UNP:12497(und 79 andere, die auf verweisen UNP:Q76353, sehr ähnlich zu UNP:12497), 22 verweisen auf ein ganz anderes UNP:Q72498.
Keiner von ihnen ist Integrase:
P12497 Protein Gag-Pol-Polyprotein Gen gag-pol Organismus Humanes Immunschwächevirus Typ 1 Gruppe M Subtyp B (Isolat NY5) (HIV-1)
P14350 Protein Pro-Pol-Polyprotein Genpol Organismus Humanes Spumaretrovirus (SFVcpz(hu)) (Humanes Schaumvirus)
Selbst wenn Sie das Integrase-Produkt des Polyproteins meinten, das zweite ist nicht einmal HIV.
Aus Wikipedia :
Human Foamy Virus (HFV) ist ein Retrovirus und gehört speziell zur Gattung Spumavirus. Die Spumaviren sind komplex und unterscheiden sich in mehrfacher Hinsicht signifikant von den anderen sechs Gattungen von Retroviren. Die Foamy-Viren leiten ihren Namen von dem charakteristischen „schäumenden“ Aussehen des in den Zellen induzierten zytopathischen Effekts (CPE) ab. [1]
rikb
1148-1435BLAST-Qualifizierer). und ich habe PFV absichtlich in meine Analyse aufgenommen, weil "... PFV der HIV-Integrase sehr ähnlich ist und ein hervorragendes Modell für Studien zur retroviralen Integration darstellt" . Aber natürlich muss ich Organismen überprüfen, bevor ich ihre Sequenzen ausrichte! Nochmals vielen Dank für Ihre Antwort.