Van-der-Waals-Anleihen in schweizer PdbViewer einfärben

Wenn ich richtig annehme, dass Sie versuchen, eine Färbung wie die lila AA-VDW-Anleihen zu erhalten, kann ich VDW-Anleihen nur in der soliden 3D-Ansicht (unter Anzeige, in solidem 3D rendern) in SPDBV spezifisch einfärben, aber nicht, wenn die solide 3D-Ansicht dies nicht ist aktiviert, wie im Beispiel in Ihrem Bild. Eine Möglichkeit ist die Verwendung von POV-Ray, aber ich habe nicht damit gearbeitet.

Wenn die violette Färbung nicht von den Autoren der Zeitung, von der Sie das Bild erhalten haben, mit Photoshop bearbeitet wurde, haben sie wahrscheinlich ein benutzerdefiniertes Skript dafür in die Software geschrieben, das ihnen dies ermöglicht. Also würde ich mich einfach an den entsprechenden Autor wenden und ihn fragen, wie er es geschafft hat und ob er es über ein Skript oder eine andere Software gemacht hat. Meistens teilen die Leute gerne ihre Methodik, nachdem sie sie veröffentlicht haben!

Haben Sie auch die Jalview-Software ausprobiert? Obwohl es hauptsächlich als Ausrichtungswerkzeug konzipiert ist, hat es eine schöne 3D-Jmol-Ansicht. Sie können Ihre Sequenz und die zugehörige PDB-Datei laden und damit herumspielen. Die Grafikausgabe ist recht publikationsfreundlich. Ich bin kein Experte darin und habe nur ein bisschen damit herumgespielt, aber wenn man den Dreh raus hat, ist es grafisch ganz nett. Die VDW-Ansicht ist zwar immer noch raumfüllendes 3D, aber sie ist etwas schöner, da sie Deckkraft usw. usw. hat. Laden Sie sie einfach herunter und sobald Sie sie öffnen, werden Ihnen eine Beispielausrichtung und eine Jmol-Ansicht angezeigt. Spielen Sie einfach mit dem Ausrichtungsabschnitt und der Jmol-Ansicht herum und sehen Sie, ob Ihnen die Ästhetik gefällt. Der einzige knifflige Teil in der Software besteht darin, die gewünschten Rückstände auszuwählen, aber sobald Sie das geschafft haben,

Hoffe das hilft.