Ich habe versucht, einen systematischen Weg zu finden, um die Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen für mehrere PDB-Dateien zu zählen.
DSSP zeigt mir die Gesamtzahl der Wasserstoffbrückenbindungen, wenn ich mache dssp.exe 1A11.pdb, und gibt mir die Gesamtzahl von 24(liege ich richtig, ok?)
24 96.0 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(J) , SAME NUMBER PER 100 RESIDUES
Aber wenn ich diesen Befehl in R ausführe:
> require(biod3d)
> x=dssp(read.pdb("1A11"), full=T)
es sieht nicht so aus, als hätte es die Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen. Es zeigt dies:
> x$hbonds
BP1 BP2 NH-O.1 E1 O-HN.1 E2 NH-O.2 E3 O-HN.2 E4 ChainBP1 ChainBP2 Chain1 Chain2 Chain3 Chain4
1-A NA NA NA 0.0 5 -2.1 NA 0.0 4 -0.3 <NA> <NA> <NA> A <NA> A
2-A NA NA 3 -0.2 6 -1.5 4 -0.2 7 -0.2 <NA> <NA> A A A A
3-A NA NA 4 -0.2 7 -1.8 5 -0.2 2 -0.2 <NA> <NA> A A A A
4-A NA NA 1 -0.3 8 -1.5 6 -0.2 7 -0.6 <NA> <NA> A A A A
5-A NA NA 1 -2.1 9 -1.9 6 -0.2 10 -0.2 <NA> <NA> A A A A
6-A NA NA 2 -1.5 10 -1.3 1 -0.3 5 -0.2 <NA> <NA> A A A A
7-A NA NA 3 -1.8 11 -1.3 4 -0.6 5 -0.2 <NA> <NA> A A A A
8-A NA NA 4 -1.5 12 -1.2 3 -0.2 6 -0.2 <NA> <NA> A A A A
9-A NA NA 5 -1.9 13 -1.1 4 -0.2 7 -0.2 <NA> <NA> A A A A
10-A NA NA 6 -1.3 14 -2.3 5 -0.2 13 -0.4 <NA> <NA> A A A A
11-A NA NA 7 -1.3 15 -1.8 12 -0.2 16 -0.3 <NA> <NA> A A A A
12-A NA NA 8 -1.2 16 -1.8 13 -0.2 11 -0.2 <NA> <NA> A A A A
13-A NA NA 9 -1.1 17 -2.4 10 -0.4 18 -0.5 <NA> <NA> A A A A
14-A NA NA 10 -2.3 18 -1.6 15 -0.2 13 -0.2 <NA> <NA> A A A A
15-A NA NA 11 -1.8 19 -1.8 17 -0.2 20 -0.5 <NA> <NA> A A A A
16-A NA NA 12 -1.8 20 -0.8 17 -0.3 14 -0.2 <NA> <NA> A A A A
17-A NA NA 13 -2.4 21 -1.9 19 -0.2 16 -0.3 <NA> <NA> A A A A
18-A NA NA 14 -1.6 22 -2.0 13 -0.5 21 -1.0 <NA> <NA> A A A A
19-A NA NA 15 -1.8 23 -2.0 20 -0.3 24 -0.3 <NA> <NA> A A A A
20-A NA NA 16 -0.8 24 -1.5 15 -0.5 19 -0.3 <NA> <NA> A A A A
21-A NA NA 17 -1.9 25 -1.0 18 -1.0 19 -0.2 <NA> <NA> A A A A
22-A NA NA 18 -2.0 25 -0.3 23 -0.2 20 -0.2 <NA> <NA> A A A A
23-A NA NA 19 -2.0 22 -0.2 18 -0.3 21 -0.2 <NA> <NA> A A A A
24-A NA NA 20 -1.5 23 -0.2 19 -0.3 22 -0.2 <NA> <NA> A A A A
25-A NA NA 21 -1.0 23 -0.2 22 -0.3 24 -0.2 <NA> <NA> A A A A
Also meine Frage: Ist die Gesamtzahl der Wasserstoffbrückenbindungen irgendwo in dieser Ausgabe oder woanders versteckt (oder existiert nicht)?
Wenn es mir gelingt, die Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen in einer einzelnen PDB mit Bio3D und R zu zählen, kann ich eine Schleife erstellen und über alle restlichen PDB-Dateien iterieren.
Danke für alles!
Die Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen lässt sich eigentlich nicht per Software sagen, sondern nur erschließen. Aber Sie könnten versuchen, STRIDE ( http://structure.usc.edu/stride/ ) zu verwenden, das den Dateinamen mit einem -h-Flag verwendet, um die Anzahl der Wasserstoffbrückenbindungen auszugeben. Sie könnten dann ein kleines Shell-Skript schreiben, das jede Datei weitergibt und die gewünschten Daten in einem beliebigen Format speichert.
Dies ist eine anfängliche Lösung, die jedoch verbessert werden kann:
out = system2("f:/stride/stride.exe", "f:/stride/1a11.pdb -h", stdout=T)
nh = strsplit(out[grepl("HBT", out)], " ")[[1]][2]
print(nh) # Output: 26 (hydrogen bonds)
Ich habe eine Windows-Version von Stride kompiliert und hier hochgeladen: http://lcrserver.icmc.usp.br/~daniel/bin/stride.exe
Daniel Bonetti