Wie baut man eine trimere Proteinstruktur aus einer monomeren PDB-Datei auf?

Problem: Ich habe eine PDB-Datei mit einem Monomer, aber ich möchte die gesamte Struktur zeigen – die trimer ist – aber ich verstehe nicht, wie man die monomeren Einheiten in COOT, SWISS, zu ihrer vollständigen Struktur zusammenführt/aufbaut oder kombiniert -PDBviewer oder Pymol?

Hier ist ein Link zu dem Proteinkomplex, den ich mir anschaue

Ich würde mich freuen: Anleitungen dazu (vorzugsweise in Coot, Pymol oder Swiss-PDBviewer) oder Verweise auf ein Tutorial, das dies tatsächlich durchläuft, wären großartig!

Als Referenz: Ich habe hier einige Beschreibungen zum "Erstellen/Zusammenführen" mit dem Schweizer PDB-Viewer gefunden . Und in Threads aus dieser Diskussion habe ich Beschreibungen gefunden, wie man es auch mit anderen molekularen Grafikwerkzeugen macht (obwohl ich es nicht ganz verstehe).

Was ich versucht habe : Im Tutorial für den SWISS-PDBviewer ( Link ) kann ich einigen Anweisungen folgen, aber ich kann ihnen nicht lange folgen:

  • Ich lade drei gleiche PDB-Dateien in SWISS PDBviwerer hoch (sie sind übereinander geschichtet)
  • Ich kann auf die Ebenen in den „Ebenen-Infos“ zugreifen/sieh
  • Mir wird gesagt, ich solle das "Textsymbol" öffnen, um die PDB-Textdatei zu sehen, und nach "mtrix"-Zeilen suchen - die direkt vor den "Atom"-Zeilen stehen sollten. Wie aus der Anleitung zitiert:

" Scrollen Sie in der PDB-Datei nach unten, bis Sie MTRIX-Linien finden (sie befinden sich direkt vor den ATOM-Linien). Sie können 9 MTRIX-Linien sehen. Sie stellen drei Transformationsmatrizen dar und ermöglichen Ihnen, die nicht-kristallographischen Symmetrien des Proteins aufzubauen."

Ich kann die " mtrix "-Zeilen in der PDB-Textdatei nicht finden und bin mir auch sehr unsicher, wie ich die nächsten Anweisungen ( Link ) danach befolgen soll. Ich kann in der Textdatei nirgendwo klicken, dann bekomme ich die Fehlermeldung: " Unter diesem Zeiger kann leider keine anklickbare Information erkannt werden..

Folgendes sehe ich über der Zeile " Atom ":

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Ich fand auch heraus, dass der trimere Zustand als "biologische Baugruppe" heruntergeladen werden kann, aber ich würde immer noch gerne wissen, wie man das selbst macht.

Antworten (2)

Für dieses Molekül gibt es keine MTRIX-Karten. Dies scheint der einfachste Weg zu sein:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4G3Y

Dateien herunterladen -> Biologische Baugruppe 1

dh:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

Und lesen Sie diese Datei in Coot (falls Sie möchten)

Danke für den Link, aber wie ich meinen eigenen Beitrag kommentiert habe, verstehe ich, dass ich die biologische Baugruppe (gesamte Struktur) erhalten kann. Aber was ist eine Mtrix-Karte? und warum ist es nicht möglich, die monomere zu kombinieren (mangels mtrix)? Mich interessiert mehr, wie ich das alleine machen würde, unabhängig davon, dass die gesamte PDB-Struktur vorhanden ist. Wollen Sie damit sagen, dass dies mit dieser Datei nicht möglich ist?

Die PDB-Datei enthält nur die asymmetrische Einheit und keine Informationen über ein potenziell biologisch relevantes Multimer. Sie müssen also experimentell Informationen über den Zustand in Lösung erhalten.

An der Größe der Kontaktfläche lässt sich allerdings oft ablesen, ob eine potentielle quartäre Struktur vorliegt. Sie können dies von Hand tun, aber der PISA-Server ist dort sehr hilfreich und gibt auch die multimere PDB-Datei aus:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

Wenn Sie nur Symmetrieoperatoren auf Ihre asymmetrische Einheit anwenden möchten, um Symmetrieverknüpfungen zu erstellen, können Sie dies in tun

Pymol:
- click Action/generate/symmetry mates/within X Å
- from the command line:
        symexp prefix, selection, cutoff
        , e.g. symexp sym,1GVF,(1GVF),5
   see also http://pymolwiki.org/index.php/Symexp

Coot:
- if you just want to look at the symmetry mates, activate View/Cell&Symmetry with an appropriate radius and/or select "Symmetry by molecule"
- if you would like to actually create the symmetry mates, try Extensions/Modelling/New Molecule from Symmetry Op  - however you will have to specify the SymOp manually.

Sie müssen den CRYST1-Eintrag in Ihrer PDB-Datei mit der richtigen Raumgruppe haben.

Bemerkung 350 kann zur Beschreibung der biologischen Einheit verwendet werden.
Wie baut man eine trimere Proteinstruktur aus einer monomeren PDB-Datei auf?
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