Wie kann ich die Hydrophobizität und/oder Oberflächenladung eines Proteins bewerten?

Wie soll ich Proteinoberflächen in Bezug auf Hydrophobizität und Oberflächenladungseigenschaften der Oberfläche bewerten?

Insbesondere möchte ich hydrophobe Flecken oder Oberflächenladungen zwischen zwei Proteinen vergleichen, beispielsweise aus .pdb- oder Fasta-Sequenzen.

Ziel ist es, den Proteinadsorptionsmechanismus im Kontext der Proteinreinigung zu untersuchen.

Hast du Pymol verwendet?
Ja, aber zeigt Pymol beispielsweise einen numerischen Wert für den Prozentsatz der gesamten Oberflächenhydrophobie an?
Ja. Sie können die für Lösungsmittel zugängliche Oberfläche als Bruchteil der Gesamtoberfläche berechnen. Obwohl ich nicht genau sicher bin, was "Prozentsatz der gesamten Oberflächenhydrophobie" ist.
Ich habe einige Änderungen an Ihrer Frage vorgenommen, damit es mehr um die biologischen Konzepte geht als um "Welches Werkzeug ist das Beste".

Antworten (2)

Da Sie die Strukturen haben, ist meiner Meinung nach die beste Option Pymol.

Hydrophobie

Pymol öffnen . Laden Sie Ihr Protein Ihrer Wahl auf. Laden Sie color_h.py herunter , ein Skript der Universität Osaka, das die Rückstände gemäß Eisenbergs Hydrophobizitätsskala einfärbt. Laden Sie dies in Pymol von File->Run->PATH/TO/color_h.py. Führen Sie dann in Pymol die folgenden Befehle aus

  1. show surface

  2. color_h

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Beachten Sie, dass das Skript bearbeitet werden kann, um beliebige Skalen zu verwenden. @mimat weist Sie auf protscale hin und ich würde dasselbe vorschlagen. Die Eisenberg-Skala ist eine ziemlich alte Konsensskala. In Ihrem Fall könnten aktuellere Waagen geeigneter sein.

Um dies zu quantifizieren, verfügt Pymol beispielsweise über Tools zur Berechnung der Lösungsmittelzugänglichkeit.

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Zusätzlich können PDBSum und PDBe-PISA die für Lösungsmittel zugängliche Oberfläche abschätzen.

Oberflächenladung

Vakuum-Elektrostatik

Der schnellste und einfachste Weg, Elektrostatik zu erzeugen, ist mit den eingebauten Vakuum-Elektrostatik-Werkzeugen. Wählen Sie in Pymol die action button (A)->generate->vacuum electrostatics->protein contact potential.

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ABPS

Da die in Pymol eingebaute Elektrostatik viele Annahmen macht, ist es für die Veröffentlichung am besten, eine viel genauer quantifizierte Oberflächenkarte zu erhalten. ABPS ist jedoch etwas komplizierter. Lesen Sie das Wiki , wenn dies eher nach dem klingt, was Sie brauchen.

Ich denke, Sie sind hinter Protscale her . Es gibt Ihnen eine ganze Reihe von Optionen, um vorherzusagen, wie sich Ihr Protein für die HPLC-Reinigung und Hydrophobizität, vergrabene Rückstände usw. „verhalten“ wird.

Protscale ist ein großartiges Werkzeug für die Sequenzanalyse. Da wir die Strukturen haben, denke ich, dass es zuverlässigere Wege gibt, nach biochemisch interessanten Oberflächenflecken zu suchen, die das 3D-Wissen nutzen, das wir haben.
Ich stimme Ihnen vollkommen zu, Ihre Antwort wird definitiv ein zuverlässigeres und vollständigeres Bild der Hydrophobie vermitteln. Andererseits hängt es auch von der Menge an Proteinen ab, die Sie analysieren müssen, da das Poster nach Reinigung fragte, möchten Sie oft etwas schnelles und schmutziges für viele verschiedene Ziele.
Aha. Guter Punkt!
Wie kann ich die Hydrophobizität und/oder Oberflächenladung eines Proteins bewerten?
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