Es gibt Millionen von Proteinen in PDB, deren Sequenz wir im FASTA-Format herunterladen können. Es gibt auch Hunderte von SNPs, die in NCBI dbSNP angegeben sind. Meine Frage ist, ob die Proteine in PDB die SNPs in ihre Struktur einbauen? Wenn nicht, gibt es eine Möglichkeit, die Proteinstruktur mit einem beliebigen Tool nach einem SNP auf dem Protein zu visualisieren? Ich weiß, dass Tools wie SIFT existieren, aber sie sagen nur, ob ein SNP schädlich ist oder nicht. Sie kommentieren die Struktur des Proteins sowieso nicht.
Mit dem Swiss PDB Viewer können Sie Reste in einer bestehenden Struktur mutieren und die Auswirkungen untersuchen.
Ich bin mir ziemlich sicher, dass UCSF Chimera das auch tut.
Die Auflösung der 3D-Struktur eines Proteins ist schwierig und sehr arbeitsintensiv, dies für jedes gemeinsame SNP eines Proteins zu tun, wäre in den meisten Fällen übertrieben. Sie werden solche Strukturen also im Allgemeinen nicht finden, es sei denn, die Struktur der spezifischen mutierten Version ist besonders interessant.
In vielen Fällen ist es auch strukturell nicht interessant, was passiert, es macht keinen Sinn, die 3D-Struktur zu bekommen, wenn ein SNP zu einem Frameshift oder einem frühen Stoppcodon führt.
Was Sie tun können, ist einfach die PDB-Struktur des Wildtyp-Proteins in einen Viewer wie PyMol zu laden und sich die Aminosäure anzusehen, die durch das SNP geändert wird. Lesen Sie das zugehörige Papier, um herauszufinden, ob dieser Rückstand in irgendeiner Weise wichtig ist. Dies wird nicht immer möglich sein, aber wenn sich zB die Aminosäure im katalytischen Zentrum eines Enzyms befindet, würde dies erklären, wie das SNP die Funktion des Proteins beeinflusst.
Schauen Sie sich die Sequenzseite bei RCSB PDB an, sie kann SNPs anzeigen, die für einige der Proteine auf 3D abgebildet sind (Sie müssen die SNP-Anmerkungen in der Dropdown-Liste aktivieren).
http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?params.showJmol=true&structureId=4HHB
Shigeta
Mithoron