Was bedeuten die Farben in Darstellungen von Aminosäuren?

Ich habe Sequenzen von Aminosäuren gesehen, die mit Farben dargestellt sind, die meiner Meinung nach damit übereinstimmen, ob die Seitenkette geladen ist usw. Ich kann das jedoch nicht herausfinden, und ich bin kein Biologe oder Biochemiker. Ich habe im Internet gesehen, dass es sich um verschiedene Farbschemata handelt. Gibt es ein Standardformat/Schema wie für das folgende Beispiel?

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Ich glaube nicht, dass es einen allgemeinen Standard für den Farbcode der Aminosäure gibt – es gibt verschiedene Konventionen und Software- oder Papierautoren können sich entscheiden, ihre eigenen zu verwenden. Hier finden Sie einige Beispiele für Farbcodes . Was Ihr spezielles Beispiel betrifft, würde ich sagen, dass es sich mehr oder weniger um einen benutzerdefinierten Farbcode handelt, der für diesen speziellen Fall erstellt wurde.

Antworten (1)

Es gibt kein „Standard“-Farbschema für Aminosäuren im Sinne einer Empfehlung von Standards oder Berufsverbänden für Biochemiker. In der Praxis werden mehrere Schemata verwendet – entweder von Softwareanwendungen oder von Einzelpersonen –, die auf zwei Hauptkriterien basieren:

  1. Die Eigenschaften der Aminosäure sollen durch die Farben angezeigt werden
  2. Die Farbwahl des einzelnen Autors bringt die beabsichtigte Ähnlichkeit zum Ausdruck

Die folgende Grafik stammt von einer Seite, die ich durch eine zufällige Suche im Internet gefunden habe, und bezieht sich auf ein bestimmtes Softwarepaket. Es zeigt einige mögliche Farbschemata, von denen keines dem in der Frage entspricht.

Farbschemata von Aminosäuren

Das Schema „Chemie“ konzentriert sich auf eine Ansicht der Chemie – Acidität, Basizität, Aliphatizität, Aromatizität, Polarität (Amide usw.), obwohl es eine Entscheidung treffen musste, Tyrosin mit Tryptophan statt mit Threonin zu klassifizieren. Das „formschöne“ Schema konzentriert sich ausschließlich auf Größe und Form, während das Hydrophobizitätsschema das tut, was sein Name andeutet. Die 'Zappo'- und 'Taylor'-Schemata (von denen ich vorher noch nie gehört habe) scheinen einzelne leichte Varianten der ersten beiden zu sein. Das Buchstabenschema scheint nur eine Möglichkeit zu sein, jede Aminosäure zu Identifizierungszwecken zu unterscheiden, und molekulare Grafiksoftware (z. B. Jmol ) lässt im Allgemeinen Aminosäuren entlang eines Proteins in abgestufter Weise von (z. B.) rot nach blau einfärben, um den Weg anzuzeigen der Kette (z. B. in dieser vorherigen Frage auf der Liste).

Oh, und ich habe ein anderes Kompromissschema (wahrscheinlich unter Verwendung von Farben, die in Excel leicht verfügbar sind ) für ein Papier angenommen, das ich im Jahr 2021 veröffentlicht habe :

Ein weiteres Farbschema für Aminosäuren

Koda

Es gibt eine Tendenz in Schemata, die die Chemie der Aminosäuren widerspiegeln, Blau für basische Aminosäuren und Rot für saure Aminosäuren zu verwenden. Dies spiegelt möglicherweise den weit verbreiteten chemischen CPK-Farbcode von Blau für Stickstoff (wie in Aminogruppen) und Rot für Sauerstoff (wie in Carboxylgruppen) wider und könnte als Erkennungshilfe angesehen worden sein. (Eine einfachere Erklärung könnte eine Beziehung zu Lackmuspapier sein.)

Was bedeuten die Farben in Darstellungen von Aminosäuren?
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