Aminosäurekompatibilität

Der (menschliche) genetische Code codiert 20 Aminosäuren. Sie bilden ein Protein unter Verwendung von Peptidbindungen. Jede Aminosäure hat eine Carboxylgruppe (COOH) und eine Aminogruppe (NH 2 ), die potenziell eine Peptidbindung bilden können.

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Quelle: Die Kultur der Chemie

Bedeutet diese Eigenschaft von Aminosäuren, dass jede Aminosäure in beliebiger Kombination eine Peptidbindung eingehen kann? Mit anderen Worten, gibt es bestimmte Aminosäuredubletten, die sich nie paaren?

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Richtig, also können beliebige Aminosäuren miteinander verkettet werden. Die Einschränkung besteht darin, dass die Funktion eines Proteins davon abhängt, welche Aminosäuren sich in Ihrer Polypeptidkette befinden und in welcher Reihenfolge. Die Zelle vermittelt dies auf mehreren Ebenen: en.wikipedia.org/wiki/Protein
Was genau ist die Frage? Ob alle Aminosäuren „kompatibel“ sind?
Ich habe die Frage bearbeitet, um eine Schließung zu verhindern. Ich denke, es ist eine gültige Frage mit genügend Hintergrund. Es war nur etwas unklar formuliert

Antworten (3)

Es scheint, als würden Sie in die Richtung der DNA denken, wo Adenin nur mit Thymin und Guanin mit Cytosin paart.

Anders als DNA sind Aminosäureketten einzelsträngig ...Beispiel Kette von Aminosäuren, auch bekannt als Polypeptidkette

... es gibt also keine Paarung kompatibler Typen wie in der DNA. Benachbarte Aminosäuren in der Kette können in beliebiger Kombination vorliegen (wie Sie sagen, weil jede eine Carboxylgruppe und eine Aminosäuregruppe hat), genauso wie benachbarte Nukleotide in der DNA (dh die nebeneinander, nicht gegenüber) vorkommen können In irgendeiner Reihenfolge.

Praktisch gesehen haben die funktionellen Gruppen von Aminosäuren unterschiedliche chemische Eigenschaften (hydrophob, hydrophil, aromatisch), daher werden einige Paarungen wahrscheinlich häufiger gefunden als andere. Aber im Prinzip gibt es keine Einschränkung, wer neben wem steht.

Kurze Antwort: Es gibt prinzipiell keine Einschränkungen, welche Aminosäuren auf welche folgen dürfen. Das bedeutet , dass Sie im Prinzip Polypeptide in jeder Konfiguration haben können: AAAA, WQWQWQ usw.

Das Problem besteht darin, dass Polypeptide funktionsfähig sein müssen, und da sie in wässriger Lösung vorliegen, dies Beschränkungen auferlegt, wie Polypeptide Sekundär- und Tertiärstrukturen bilden. Dies bedeutet, dass eine sehr starre hydrophobe Oberfläche energetisch ungünstig ist. Wenn die Zelle ein solches Polypeptid produzieren soll, könnte es entweder abgebaut werden oder Probleme für die Zelle verursachen, wie Aggregate oder andere Formen von Toxizität.

Das bedeutet, dass Polypeptide mehr Einschränkungen haben als nur die Reihenfolge der Verknüpfung (CN-Bindung). Und natürlich wurde es untersucht: Probabilistische Analyse der Häufigkeiten von Aminosäurepaaren innerhalb charakterisierter Proteinsequenzen.

Die Autoren analysierten Proteindatenbanken, um herauszufinden, welche Aminosäuredubletts häufiger und seltener vorkommen. Erstens haben nicht alle Aminosäuren (von denen 20 betrachtet werden) das gleiche Vorkommen, z. B. P(L, Leucin)=0,096, P(W, Tryptophan)=0,0118.

Und natürlich sind Dubletten nicht gleichmäßig verteilt (16 Paare von 400 wurden als statistisch signifikant ausgewählt):

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Ich denke, das ist die bessere Antwort.

Um Ihre Frage zu beantworten: Nein, es gibt keine Beschränkungen dafür, welche Aminosäure am nächsten ("nächster Nachbar") zu ihrem N-terminalen oder C-terminalen Nachbarn steht.

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