Eigenschaften, die aus Aminosäuresequenzen abgeleitet werden können [geschlossen]

Welche Eigenschaften können außer den auf der Website genannten aus einer Aminosäuresequenz abgeleitet werden ? Auf der erwähnten Website können folgende Eigenschaften aus der Aminosäuresequenz berechnet werden:

1. Molekulargewicht des Proteins
2. Anzahl der Aminosäuren in der Proteinsequenz
3. Zusammensetzung geladener Reste (DEKHR)
4. Zusammensetzung aliphatischer Reste (ILV )
5. Zusammensetzung aromatischer Reste (FHWY)
6. Zusammensetzung polarer Reste (DERKQN)
7. Zusammensetzung neutraler Reste (AGHPSTY)
8. Zusammensetzung hydrophober Reste (CVLIMFW)
9. Zusammensetzung positiv geladener Reste (HKR)
10. Zusammensetzung von negativ geladenen Resten (DE)
11. Zusammensetzung winziger Rückstände (ACDGST)
12. Zusammensetzung kleiner Rückstände (EHILKMNPQV)
13. Zusammensetzung großer Rückstände (FRWY)

Abgesehen von den ersten beiden scheint der Rest der Gruppen eine Liste binärer Sätze zu sein, die auf spezifischen chemischen Eigenschaften der Aminosäuren basieren. Ohne zusätzliche Informationen ist diese Frage zu weit gefasst.
welche zusätzlichen Informationen wünschen Sie. Bitte sagen Sie mir. Schließen Sie es nicht einfach. Ich brauche diese Frage offen.
Was genau definieren Sie als "Eigenschaft"? Die aktuelle Liste ist nicht gut definiert, und wohl alberne Beispiele wie „Zusammensetzung von Resten mit „E“ im Namen“ sind ebenfalls „Eigenschaften“.
Dieser Ansatz (den Sie verlinkt haben), bei dem man ein gereinigtes Protein nimmt und es einer Aminosäureanalyse (oder Aminosäurezusammensetzung) unterzieht, geht auf einen Zeitraum von ~ 1960-1980 zurück. Sobald das molekulare Klonen entwickelt war, wurde es viel schneller, das Gen für ein Protein zu klonen, um seine Identität zu bestimmen, als das Polypeptid selbst zu sequenzieren. Etwa zur gleichen Zeit wurde von Applied Biosystems ein Gasphasenchromatographiegerät an ein Massenspektrometer gekoppelt und kommerziell vermarktet, das eine sogenannte Mikrosequenzierung von Peptidfragmenten ermöglichte. BLAST wird viel sensibler sein.
Sensibel wie in?

Antworten (2)

Schauen Sie sich einfach die NCBI- , EMBL- und DDJB-Tools an . Diese drei sind führende und globale Datenbankzentren. Ihre Werkzeuge sind selbsterklärend. Aus diesen Sequenzen kann man vieles berechnen. Daneben gibt es viele interne Tools zur Berechnung spezifischer Informationen aus Sequenzen aus vielen Bioinformatik-Forschungslabors auf der ganzen Welt.

Mithilfe einer spiralförmigen Radprojektion können Sie Vorhersagen über Regionen treffen, die wahrscheinlich amphipathische Spiralen bilden oder annehmen. Dies sind Alpha-Helices, bei denen eine Fläche oder Seite der Helix weitgehend polar ist, während die gegenüberliegende Seite oder Fläche der Helix weitgehend unpolar ist.

Basierend auf bekannten Röntgenkristallstrukturen gibt es auch einige Reste, die als Helixbrecher bekannt sind, wie Pro und Gly, und es gibt andere Reste, die oft in Beta-Faltblättern gefunden werden, sodass Sie auf der Grundlage von Sekundärstrukturvorhersagen machen können die primäre Aminosäuresequenz.

Da jedoch ausgedehnte Regionen mit Aminosäuresequenzidentität fehlen, sind diese Vorhersagen nur Hypothesen.

Nein, ich möchte nichts vorhersagen, ich möchte bestätigte Eigenschaften, keine Vorhersagen
Viel Glück damit.
Eigenschaften, die aus Aminosäuresequenzen abgeleitet werden können [geschlossen]
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