Ich wurde beauftragt, ein Programm zur Berechnung der Eigenschaften einer gegebenen Gruppe von Peptiden zu schreiben. Diese Peptide sind als 1-Buchstaben-Aminosäuresequenzen angegeben und ich muss Folgendes berechnen:
Während einige dieser Eigenschaften selbsterklärend sind (z. B. Größe, Anzahl der Aminosäuren, Prozentsatz der Aminosäuren) und leicht zu berechnen sind. Andere Eigenschaften (wie Molekulargewicht, Nettoladung, positive Ladung, Hydrophobizität usw.) waren für mich schwierig.
Ich habe keinen Chemie- oder Biologiehintergrund und fand es daher schwierig, diese zu berechnen. Ich wäre dankbar, wenn mich jemand in die richtige Richtung weisen könnte (ich habe bereits Wikipedia durchgesehen), die Methoden zur Berechnung der oben genannten Eigenschaften oder einen Standardtext enthält, der die oben genannten Eigenschaften erklärt und auch Methoden zu ihrer Berechnung bereitstellt. Danke euch allen.
Biopython und die anderen Bio-Programmiersprachen haben typischerweise Beispiele dafür, wie man so etwas macht.
Hier ist zum Beispiel ein Python-Code zum Berechnen einiger davon:
http://biopython.org/w/index.php?title=ProtParam&redirect=no
Viele der Neigungsskalen befinden sich in dieser Datenbank: http://www.genome.jp/aaindex/
Und es gibt auch Biojava-Klassen für den Zugriff auf diese. Im Wesentlichen müssen Sie wissen, was diese physikalisch-chemischen Eigenschaften sind, und Zugang zu einer Skala erhalten, mit der Sie den Buchstaben in einen Zahlenwert umwandeln können.
Das ist eine ziemlich lange Liste, und ich bezweifle, dass sich jemand hinsetzen und Ihnen Tipps für alle geben wird. Beachten Sie, dass einige der Eigenschaften (wie Prozent Alpha-Helix) auf der Vorhersagemethode (in diesem Fall Sekundärstrukturvorhersage) beruhen. "Netto gespendete Wasserstoffbrücken" klingt so, als wäre es nur für einen bestimmten Komplex mit einer gelösten 3D-Struktur sinnvoll.
Trotzdem werden Sie wahrscheinlich einige der in EMBOSS implementierten Statistiken finden , beispielsweise in der pepstats- App.
Samrat Roy
gkadam