Wie bereite ich eine PDB für die Einreichung bei der Protein Data Bank vor?

Ich habe ein paar Strukturen, die fast fertig sind, um in der PDB abgelegt zu werden. Aus Neugier ließ ich sie durch das Precheck-Tool von ADIT laufen und sie scheiterten mit einem Fehler nach dem anderen, da mir alle möglichen zusätzlichen Datensätze ( , , , TERetc. SEQRES) fehlten HETNAM, die meine Verfeinerungs- und Modellierungswerkzeuge nicht zu interessieren scheinen.

Soweit ich weiß/schätze, hilft das Online-Übermittlungstool beim Ausfüllen aller Metadaten ( REMARKs usw.), aber wie verwandle ich meine Koordinaten in etwas Akzeptables?

Wenn es Ihnen nichts ausmacht, leihe ich mir diese Frage aus, um sie als Beispiel zum Vorschlag von crystallography.se hinzuzufügen

Antworten (1)

Diese beiden Links gehen durch die Spezifikationen, die für das PDB-Format erforderlich sind:

Link1: http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html

Link1 geht hauptsächlich durch die Spezifikationen. erforderlich, wenn Sie sagen, dass Sie eine NMR-Datei haben, würden Sie daher die MODELErklärung benötigen. Es geht auch durch andere Anweisungen, z. B. wann verwendet werden soll TERund wie jede ATOMZeile aussehen sollte usw.

Link2: http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html

Link2 durchläuft die anderen Anweisungen wie HEADER, REMARKSundTITLE

Wie bereite ich eine PDB für die Einreichung bei der Protein Data Bank vor?
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