Wie wird aus einer minimalen CIF-Beschreibung eine vollständige?

Ich habe eine CIF-Datei, die ich von der PDB heruntergeladen habe, aber wenn ich versuche, sie in Coot zu verwenden, beschwert es sich, dass es keine vollständige CIF-Definition ist. Diese Seite enthält ein Batch-Skript, das ich möglicherweise auseinandernehmen kann, um es meinen Bedürfnissen anzupassen, aber ich dachte, es gäbe eine Möglichkeit, dies innerhalb der GUI/des Job-Managers der CCP4 Program Suite zu tun.

Verrückterweise sehe ich in meinem Projekt-Jobverlauf ein paar "Wörterbuch"-Jobs, bei denen ich dies getan habe, aber ich habe völlig vergessen, wie ich sie eingerichtet habe (verzeihen Sie die dummen Namen):

CCP4-Wörterbuchjobs

Wenn ich versuche, den Monomer Library Sketcher (unter Refinement/Restraint Preparation) zu verwenden und eine CIF-Datei ("mmCIF") zu öffnen, passiert nichts.

Auch unter dem Sketcher kann ich "Load Monomer from Library" stark missbrauchen und es sieht so aus, als ob ich das Richtige bekomme:

Monomer aus Bibliotheksdialog laden

Beim Einrichten des oben Gesagten wird jedoch die Warnung „Error: can’t read „monomer_lib(code,n…““ ausgegeben, dann generiert es beim Ausführen die Geometry-Datei (scheinbar erfolgreich) und sagt dann, dass Libcheck beim Erstellen fehlgeschlagen ist die Koordinatendatei.

Falls es noch andere Lösungen gibt, würde mich das auch interessieren. Ich habe PRODRG schon früher zum Erstellen von CIF-Dateien mit seinem Zeichenwerkzeug verwendet , aber es kann etwas ungeschickt sein, es ignoriert, wie ich meine Doppelbindungen gezeichnet habe, und es erstellt neue Namen für alle Atome.

Antworten (1)

Nicht ganz so ideal wie ich gehofft hatte, aber es funktioniert:

  1. Holen und installieren Sie CCP4 .

  2. Erhalten Sie eine minimale CIF-Datei von PDB oder anderswo. Speichern Sie in einem Ordner, auf den Sie mit der Konsole leicht zugreifen können.

  3. Starten Sie die Konsole und cdden Ordner mit der minimalen Definition.

  4. Führen Sie es aus libcheck, indem Sie es eingeben und die Eingabetaste drücken

    • Wenn es sich beschwert, dass es nicht gefunden wurde, binbefindet sich das CCP4-Verzeichnis möglicherweise nicht in Ihrer PATH-Umgebungsvariablen. Sie können dies umgehen, indem Sie den vollständigen Pfad zum Programm angeben, z. B.: c:\CCP4-Packages\ccp4-6.1.13\bin\libcheck.exe(kann je nach Version variieren)

  5. Sagen Sie "Y" oder "A" an der _DOC:Eingabeaufforderung für weitere Dateien, "N", wenn es Ihnen egal ist (ich tue es im Allgemeinen nicht)

  6. Geben Sie an den -->Eingabeaufforderungen Folgendes an:

    • die Eingabedatei, zB:file_l: ABC.cif
    • das Monomer:mon: ABC
    • Name der Ausgabedatei:file_o: ABC_out

  7. Lassen Sie eine Eingabeaufforderung leer und drücken Sie die Eingabetaste, um die Verarbeitung zu starten.

Wenn es erfolgreich läuft, könnte es etwa so aussehen:

C:\Users\Nick>libcheck

  --- LIBCHECK --- /Vers 4.2.8   ; 02.06.2009/


  Do you want to have FILE-DOCUMENT /libcheck.doc/ ? /<N>/Y/A :
    N - means without DOC-file
    Y - with new contents
    A - means to keep old contents and add new information
        with DOC-file program creates batch file: libcheck.bat
 _DOC:n


 #
 #      Keywords:
 #
 #FILE_L:   < >  - additional library, " " means without this file
 #MON:      < >  - give info about this monomer
 ... (shortened) ...
 #SRCH: <N>/Y/0  - Y - global search, 0 - for MON from PDB_file
 #                 (only with NODIST = N)

 #---  type "keyword   parameters" and/or ---
 #---  press key "CR" to run program      ---
 -->file_l: ABC.cif
 -->mon: ABC
 -->file_o: ABC_out
 -->
 MON   : ABC
 -------------
 Output file   :ABC_comp
 Input user lib:ABC.cif
 _chem_comp.name "DRUG INTERMEDIATE"

          17          55
 "DRUG INTERMEDIATE"

 -------------
 Keywords:
 HFLAG : Y
 COOR  : N
 LCOOR : Y
 SRCH  : 0
 REF   : Y
 NODIST: Y
 ERROR ==> In the loop containing the item_chem_comp.three_letter_code
 ERROR ==> The number of expected items and the number existing items do not match
 ERROR ==> The number of expected items is    7
  NUMBER OF MONOMERS IN THE LIBRARY          :     1
                with complete description    :     0
  NUMBER OF MODIFICATIONS                    :     0
  NUMBER OF LINKS                            :     0
  I am reading libraries. Please wait.
      - energy parameters
      - monomer"s description (links & mod )
  I am reading library. Please wait.
      - monomer"s description
  WARNING : monomer:ABC      - has the minimal description.
  now monomer:ABC      - has complete description.
  I will check it.
 * CIFile  : ABC_out_ABC.cif
 * PDBfile : ABC_out_ABC.pdb
 * Plotfile: ABC_out_ABC.ps
  I am writing new description to
  file: ABC_out.lib

C:\Users\Nick>

Es ergibt die folgenden Ausgabedateien:

  • (file_o): sieht aus wie eine CIF-Datei mit vielen Leerzeichen und entfernten Datensätzen
  • (file_o).lib: die gewünschte, vollständige Definitionsdatei
  • (file_o)_ (mon).cif: eine noch minimalere CIF-Datei mit nur XYZ-Koordinaten
  • (file_o)_ (mon).pdb: eine PDB-Datei
  • (file_o)_ (mon).ps: ein Dokument mit einem mit Stereo beschrifteten Diagramm und Listen von Bindungen, Winkeln, Chiralität (Zentren?) und Ebenen. Kann es mit diesem http://www.ps2pdf.com/convert.htm oder anderen Tools in das einfacher zu verwendende PDF-Format konvertieren .
Wie wird aus einer minimalen CIF-Beschreibung eine vollständige?
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