Ist es üblich, dass Forscher die ursprünglichen Röntgenbeugungsdaten veröffentlichen, die bei der Bestimmung der makromolekularen Struktur verwendet werden? Wenn nicht, warum nicht; und wenn ja, gibt es eine Online-Datenbank, wo diese Daten heruntergeladen werden können?
In vielen Fällen sind sie verfügbar. Eines der Gründungsprinzipien der Protein Data Bank (PDB) war es, nicht nur die Modelle (Atompositionen und Identitäten) von Makromolekülen und Proteinen zu speichern, sondern auch die entstehenden Röntgendaten, neuerdings in Strukturfaktoren.
Wenn die Frage lautet: „Warum geben sie nur die Strukturfaktoren an und nicht die ursprünglichen Daten, die sie genommen haben?“ Eine solche Aufgabe würde viel Kurationsaufwand für sehr geringen wissenschaftlichen Nutzen erfordern. Früher war das Skalieren der einzelnen Datensätze des Detektors eine knifflige Aufgabe. Die ursprüngliche Myoglobinstrukturwürde gescannte Filme in einem alten Format aus den 50er Jahren beinhalten. Niemand könnte das jetzt verwenden, ohne das Bildformat zu hacken, wenn es nicht auf Papierstreifen oder Karten wäre. Tatsächlich sind in diesem Fall die Strukturfaktoren nicht verfügbar. Die Skalierung vieler oder mehrerer Datensammlungen zusammen wurde bis in die 70er Jahre oft mit benutzerdefinierten Anpassungen durchgeführt, und in den 90er Jahren wurde die Datensammlung routinemäßiger, aber mehrere Generationen von Röntgendetektoren wurden populär und verschwanden dann vom Markt. Jeder hatte seine eigenen Exzentrizitäten und Anforderungen zum Kombinieren von Datensätzen aus mehreren Lesevorgängen.
Der Zweck der Verfügbarkeit von Strukturfaktoren besteht darin, es jedem zu ermöglichen, die Elektronendichte zu rekonstruieren und den interpretativen Akt zu bewerten, der ein Peptid durch die Elektronendichte verfolgt. Da dieses Format weitgehend unabhängig vom Detektor ist und über die Jahre ziemlich konstant geblieben ist, liefert es eine erhebliche Menge an wissenschaftlichem Knaller fürs Geld.
Wenn Sie rohe Bilddaten oder proprietäre Detektordaten wünschen, bevor mehrere Datensätze aus verschiedenen Kristallen kombiniert wurden, müssen Sie sich an die Autoren wenden, die wahrscheinlich ein Meer von DVDs durchsuchen müssten, um daran zu gelangen. In älteren Fällen können es Bänder sein.
Was die Strukturfaktoren betrifft, die im Wesentlichen der Quadratwurzelwert der kombinierten und skalierten Intensitätsdaten sind, sind sie verfügbar und Teil jeder Einreichung bei der PDB:
Schauen Sie auf einer beliebigen Röntgenstrukturseite bei RCSB nach. Zum Beispiel diese .
Es gibt eine Box namens "Experimental Details" und Sie können die Strukturfaktoren dort herunterladen, indem Sie auf einen Link klicken.
Wenn Sie nach mehr als einem gleichzeitig suchen, gibt es Massendownloads, die über die Download-Seite verfügbar sind . Aktivieren Sie das Kontrollkästchen "Strukturfaktoren". Rohintensitätsdaten sollten verfügbar sein, wenn Sie sich auch danach umsehen.
Weiterer Vorschlag : Ich dachte, wenn Sie sich die Skalierungssoftware ansehen, die mit den Röntgendetektoren geliefert wird, finden Sie vielleicht einige Tutorials mit unskalierten Rohdaten. Ich habe ein Beispiel bei Marresearch gefunden – Hühnereiweiß-Lysozym.
Marcin
Shigeta