Was bedeutet Überlappung von Sequenzen?

was bedeutet es, wenn sich verschiedene Proteinsequenzen bei mehrfachem Alignment überlappen, sind sie gleich, haben sie einen gemeinsamen Vorfahren, sind sie rekombinant voneinander und wie beweist man diesen vielen Dank?

Zunächst bedeutet es nur, dass diese Sequenzen eine Ähnlichkeit aufweisen (sorry, aber mehr ist es nicht). Das kann bedeuten, dass es sich um kleinere Teile eines größeren Proteins handelt, das zerlegt wurde, es kann bedeuten, dass Sie verschiedene Proteine ​​ausgerichtet haben, die nur teilweise ähnlich sind, und so weiter. Um darüber hinwegzukommen, müssen Sie einige weitere Informationen bereitstellen. Und/oder wenn möglich ein Bild der Ausrichtung zeigen.
Nur neugierig @user5182 machst du derzeit einen Bioinformatik MSc am ICL?
@chris ja, ich denke, dass eine der Sequenzen die "echten Sequenzen" sind und die anderen 3 Bits davon neu angeordnet sind. Ich arbeite speziell mit Toxinen, wenn dies hilft. Ich habe versucht, die Sequenz früher zu posten, aber leider, da sie nicht enthalten war Frame-Leute beschwerten sich darüber, wie unklar es war. Bitte lassen Sie mich wissen, ob ich irgendwo speziell suchen sollte. vielen Dank
@hello_there_andy nein, ich mache einen MSc in Pharmazie. Meine Dissertation befasst sich mit der Diversifizierung von Toxinen in einem Korallenriff

Antworten (2)

Erweiterung des Kommentars von @Chris:

Kurze Antwort

Überlappende Sequenzen implizieren evolutionär konservierte Regionen , dh durch Evolution im Laufe der Zeit konservierte Regionen, da sie eine wichtige Funktion haben.

Lange Antwort

Unter der Annahme, dass die Sequenzen homolog sind , offenbaren sich überlappende Ähnlichkeitsregionen "evolutionär konservierte Regionen".

Dies sind Regionen in der Proteinsequenz, die von den Vorfahren im Laufe der Vorfahrengeschichte geteilt werden, da diese geteilte Sequenz eine wichtige Funktion auf der phänotypischen Ebene trägt. Die Evolution wirkt, um die Sequenz durch natürliche Selektion zu "erhalten", wenn diese Funktion für die Fitness wichtig war (siehe Negative Selektion ).

Vielleicht kodiert die gemeinsame Sequenz für ein aktives Zentrum für ein Enzym, das von allen Vorfahren geteilt wird, die Sie im multiplen Sequenz-Alignment verwenden – natürliche Selektion wird dann verhindern, dass Änderungen an dieser Sequenz auftreten.

Sehen Sie sich diese Online-Vorlesung für genauere Details an.

noch eine kleine Information: Bei Proteinen gibt es immer kurze, aber gute Überlappungen, was in den meisten Fällen auf Domänenähnlichkeit hindeutet.

Dies bedeutet, dass diese Region konserviert ist, wenn Sie zwei Sequenzen vergleichen und Ähnlichkeiten feststellen. Ein Beispiel ist die hox-kodierende Region, die konserviert ist und Ähnlichkeit zeigt

Fahren Sie fort, um Informationen darüber hinzuzufügen, wie man dies weiter beweist
Was bedeutet Überlappung von Sequenzen?
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