Ich habe nach einer Definition von gesucht signature of natural selection. Leider habe ich keine formale Definition dafür gefunden.
Die Signatur der positiven Selektion auf stehende genetische Variation. Ich habe diesen Beitrag gefunden , der auf einen Artikel verweist, der die Signatur mit einem Fst- und einem Linkage-Ungleichgewichtstest misst.
Betrachten wir nur eine bestimmte Häufigkeit von Allelen in verschiedenen Populationen? Ist die Signatur nur eine Fixierung von Allelen in einer Population, in der dieses Allel positiv selektiert wurde?
Ein anderer Artikel sagt:
Eine einzelne vorteilhafte Substitution kann in Polymorphismusdaten nachgewiesen werden, solange sie kürzlich aufgetreten ist. Die Fixierung eines günstigen Allels in einer Population verzerrt Variationsmuster an verknüpften Stellen und hinterlässt dadurch eine charakteristische Signatur, die bis zu etwa 104 Generationen beim Menschen oder etwa 106 bei Drosophila melanogaster überdauert (Przeworski 2002). Targets positiver Selektion können daher im Prinzip identifiziert werden, indem man Polymorphismusdaten nach Regionen durchsucht, die diese Signatur tragen (Nair et al. 2003; Wright et al. 2005).
Befindet es sich immer im Kopplungsungleichgewicht?
So würde ich persönlich erklären, was eine genetische Signatur ist:
Eine genetische Signatur einer bestimmten Art von Evolutionsgeschichte (Art der Selektion oder Demographie ) bezieht sich auf die Wirkung, die diese spezifische Art der Evolutionsgeschichte auf die genomischen Eigenschaften heutiger Populationen hat.
Wir sind daran interessiert, solche Signaturen zu verstehen, weil uns die Kenntnis des Zusammenhangs zwischen einer Reihe von Evolutionsgeschichten und ihrer genetischen Signatur erlaubt, die Evolutionsgeschichte einer Population zu rekonstruieren, indem wir einfach die Genomik dieser Population betrachten.
Beispielsweise verursachen ein kürzlich durchgeführter selektiver Sweep, eine Bevölkerungsausweitung nach einem kürzlich aufgetretenen Engpass und/oder die Verknüpfung mit einem gesweepten Gen ein negatives D von Tajima. Eine ausgleichende Selektion und/oder eine plötzliche Populationskontraktion verursachen ein positives D von Tajima. In diesem Beispiel ist das D von Tajima eine Statistik die verwendet wird, um diese sogenannte Signatur des unterschiedlichen Prozesses zu messen.
Das Obige war KEIN Zitat. Mir sind KEINE Veröffentlichungen bekannt, die rigoros definieren, was eine genetische Signatur ist. Ich denke, es ist nicht ungewöhnlich, dass Autoren einen Begriff verwenden, ohne ihn genau zu definieren. Solange die Unklarheit der Definition nicht zu Grenzfällen und Missverständnissen führt, ist das völlig in Ordnung.
M. Beausoleil
Remi.b
I would explain...undI am not aware of any publication defining rigorously what a genetic signature is. Ich habe versucht, diesen Punkt noch deutlicher zu machen.M. Beausoleil