Ich suche nach einem im RCSB gelisteten Arabidopsis thaliana-Gen mit eindeutiger Funktionsweise und aktivem Zentrum. Darüber hinaus muss es einen offensichtlichen Phänotyp haben, wenn es ausgeschaltet wird, wie z. B. stark verzögertes Wachstum, tödlich oder fast tödlich. Das Gen muss auch exklusiv für Pflanzen sein, damit die RNA-Polymerase nicht funktioniert. Ich habe dieses Papier in Pflanzenphysiologie gefunden , aber ich habe Probleme, diese Gene mit einer offensichtlich aktiven Stelle zu finden. Vielen Dank
Ich kann Ihnen allgemein sagen, wie Sie vorgehen müssen.
Gehen Sie in der Zeitung zu Tabelle S2 und laden Sie die Tabelle herunter. Sie können RCSB nach jedem Gensymbol durchsuchen. Es gibt 2400 einzelne Gene und wahrscheinlich über 1000 Alias-Gene, also ist das eine Menge Suche. Sie können dies massenhaft tun, indem Sie ein Python-Skript und eine Bibliothek wie BioPython verwenden, oder Sie können jedes Symbol in das Suchfeld auf RCSB.org eingeben und sehen, ob eine Struktur angezeigt wird.
Sie können und sollten diese Tabelle nach Phänotypen durchsehen, von denen Sie glauben, dass Sie tatsächlich damit arbeiten können. Viele der Phänotypen in der Veröffentlichung erfordern möglicherweise ein Mikroskop oder viel Erfahrung mit Arabidopsis. Bsp "Embryo defekt; Preglobular / Globular" was bedeutet das? Sie können auch die Autoren um Rat fragen, aber sie sind möglicherweise zu beschäftigt, um sich bei Ihnen zu melden.
Es wäre sehr hilfreich, Ihre Suche so einzuschränken, bevor Sie dies tun. Die Anzahl der Gene mit sowohl einem zugänglichen Phänotyp als auch einer Struktur wird wahrscheinlich eine relativ kleine Liste sein (50?).
Relativ wenige Arabidopsis-Proteinstrukturen sind gelöst, daher müssen Sie eine Homologiemodellierung durchführen – indem Sie alle Proteinstruktursequenzen, die Sie finden, mit der A. thaliana-Sequenz abgleichen und entscheiden, wo sich das aktive Zentrum oder die störende Mutation im Pflanzengen befinden würde.
Beispiel: CHY1(CoA Ester Hydrolase) muss gelöst werden - bei der Suche nach "CoA Ester Hydrolase" bei rcsb finde ich drei Strukturen. Die menschliche Struktur 2DQZ ist mit vielen Anmerkungen verbunden. Diese Klasse von Enzymen wird seit einiger Zeit untersucht, daher wurde wahrscheinlich auch das aktive Zentrum untersucht. Eine Pubmed-Suche sollte einen Hinweis darauf geben, wo die aktive Site-Recherche durchgeführt wurde. Die Verwendung von BLAST zur Ausrichtung der Strukturen auf das Arabidopsis-Gen oder auf alle anderen CoA-Ester-Hydrolasen wäre ebenfalls ein wichtiger Schritt.
Hoffe das hilft.