Genomprojekt Fokus auf Gen ADRB2?

Ich bin mir nicht sicher, welche Projektdatenbank UCSC oder Ensembl für meine Asthmastudie zum ADRB2-Gen (Arg/Arg-16-Genotyp) verwenden soll.

Ich verwende im Moment die Originaldatenbank des Human Genome Project. Ich denke jedoch, dass Ensembl besser für mich geeignet sein könnte.

Welche Genomdatenbank ist gut für die Asthmaforschung für Single Nucleotide Polymorphism (SNP-Variationen)? Ich suche nach etwas, das über vorhandene Visualisierungstools verfügt oder eines, bei dem Sie einfach selbst eines schreiben können.

Ich verstehe nicht, was Sie fragen. Ensembl hat Unterabschnitte, in denen Sie sich ein einzelnes Genom ansehen können. Die Tatsache, dass die Datenbank andere Genome enthält, ist irrelevant. Wie nennen Sie das „ursprüngliche Humangenomprojekt“? Meinst du USC? Welche Art von Daten möchten Sie visualisieren?
Ich denke, es kann UCSC sein, das zuerst herauskam. Tools, die einen Überblick über die Datenbank geben und mich dann auf einige Beispiele konzentrieren lassen.
Es gibt eigentlich keinen Unterschied zwischen den Datenbanken, da sie dieselben Datensätze verwenden. Nur die Art und Weise, wie Sie die Daten anzeigen und betrachten können, ist anders. Ich mag Ensembl mehr, aber das ist eine Geschmacksrichtung. Und ich habe eine ziemlich gute Einführung darin bekommen.
@Masi, das machen alle , das ist der Sinn eines Genombrowsers. Können Sie bitte Ihre Frage bearbeiten und eingrenzen? Ich weiß immer noch nicht, was Sie brauchen, was Ihnen weder die UCSC noch das Ensembl anbieten. Die einzige Möglichkeit, zwischen ihnen zu wählen, ist die persönliche Wahl oder bestimmte bereitgestellte Tools, aber da Sie nicht erklären, was Sie tun möchten, ist es schwierig zu helfen.
@terdon Vielen Dank für Ihr Feedback! Ich nehme das Gen Arg/Arg-16 auf, das ich bei infantilem Asthma durchsuche.
Ich frage nochmal, bitte klären. Arg/Arg16 ist kein Gen, es ist ein Genotyp; Ich denke, das Gen, das Sie meinen, ist ADRB2. Sie haben uns immer noch nicht gesagt, was den von Ihnen verwendeten Tools fehlt. Sie haben nicht erklärt, was genau Sie visualisieren möchten oder was Sie genau betrachten. Ich fange an zu vermuten, dass Sie nach SNP-Variationen suchen, aber ich bin mir nicht sicher. Sie erwähnen Wirbeltiere, wollen Sie also eine Art Vergleichsanalyse durchführen? Bitte bearbeiten und genauer sein.
Vielen Dank für hilfreiche Kommentare! Ich habe die Frage noch mehr fokussiert. Nur ADRB2 und SNP.
Sie suchen also nach einer Möglichkeit, kartierte SNPs im ADRB2-Gen zu finden?
Ja. Du hast Recht.

Antworten (1)

Wenn Sie nach Variationen in einem Gen suchen, gibt es einige Datenbanken, die Sie konsultieren können.

Sie können natürlich die üblichen Genom-Browser verwenden, nach Ihrem Gen suchen und dann die aufgelisteten Varianten auswählen. Für ADRB2 sieht das auf Ensembl so aus . Wenn Sie vorhaben, Daten von verschiedenen Genomen/Genen abzurufen und zu vergleichen, empfehle ich Ihnen dringend, die Verwendung von Biomart zu lernen , da dies ein sehr leistungsfähiges Werkzeug ist.

Dann können Sie bestimmte Datenbanken oder Suchmaschinen verwenden, die nur auf SNPs abzielen. Beispiele wären: DBSnp und SPSmart (das verschiedene Datenbanken abfragt).

Sehr klare und ausgezeichnete Antwort! Vielen Dank für die Erwähnung dieser Tools! Ich bin am Anfang, sie zu überprüfen und zu lernen. :)
Gern geschehen. Übrigens: Wenn Sie die Möglichkeit haben, an einem der Ensembl-Kurse teilzunehmen, tun Sie es. Es ist auf jeden Fall die Zeit wert.
Ich werde es tun, wenn mein Studium in die klinische Phase geht.
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