Ich habe eine Frage zu einem bestimmten Begriff, der die Variante vorhandener Gene beschreibt. Ich analysiere die Gesamtgenomsequenzierung eines Bakterienisolats. Ich fand heraus, dass es eine große Anzahl von Genen gibt, die teilweise Sequenzidentität oder Themen-/Abfrageabdeckung zu den bekannten Referenzgenen aufweisen.
Jetzt weiß ich, dass die Untersuchung der Sequenzidentität und -abdeckung möglicherweise nicht ausreicht, um die Gene zu analysieren. Ich weiß, dass einige Gene eine 30%ige Sequenzidentität haben können und trotzdem genauso gefaltet sind wie die ursprünglichen Gene. Nehmen wir jedoch an, diese Gene sind wirklich Varianten der bestehenden Gene, basierend auf der Sequenzidentität. Wie nennt man sie?
Mein Privatdetektiv sagte mir, dass sich Gene schnell entwickeln. Ich habe etwas Papier durchsucht und festgestellt, dass sich schnell entwickelnde Gene Gene sind, die einer positiven Selektion unterzogen werden. Obwohl ich zustimme, dass sich einige dieser Gene schnell entwickeln, da sie wahrscheinlich einer positiven Selektion unterliegen, kann ich nicht erkennen, dass alle Gene gleichzeitig selektiert werden. Ich frage mich, ob es einen anderen Begriff gibt, um diese Genvarianten zu nennen. Wenn es irgendein Papier gibt, um sie zu definieren, wäre das großartig.
Danke
Allel
Ein Allel ist eine Variante eines bestimmten Gens
Ich bin mit dieser Definition insofern nicht einverstanden, als sie nicht allgemein genug ist. Ein Allel ist eine Variante an einem beliebigen Locus (Locus = Position im Genom). Sie können bei nicht codierenden Sequenzen über Allele sprechen. Wenn Sie über eine codierende Sequenz sprechen, können Sie auch verschiedene Sequenzen als zu verschiedenen Allelen gehörend definieren, unabhängig davon, ob sich ihre Proteinprodukte in der Funktion unterscheiden oder nicht. Die Proteine können sogar für zwei verschiedene Allele genau gleich sein, wenn der einzige Unterschied zwischen diesen Allelen eine synonyme Mutation (oder eine Mutation in einem Intron) betrifft.
Sie können diese unterschiedlichen Sequenzen frei als unterschiedliche Allele durch beliebige Schwellenwertmaße definieren. Sie müssen es nur noch definieren. Beispielsweise können Sie definieren, dass verschiedene Sequenzen nur dann unterschiedliche Allele sind, wenn sie mindestens 5 % paarweise Unterschiede aufweisen oder wenn Sie durch eine biophysikalische Berechnung herausgefunden haben, dass sie sich unterschiedlich falten sollten oder für was auch immer ein anderes willkürliches Maß.
Der Begriff Allel wird in der Evolutionsbiologie sehr häufig verwendet und Sie werden seine Verwendung in jedem Einführungskurs in die Evolutionsbiologie finden.
Sich schnell entwickelnde Gene
Soweit ich weiß, gibt es keine allgemein anerkannte Definition dafür, was ein sich schnell entwickelndes Gen ist. Für mich ist ein sich schnell entwickelndes Gen einfach eine codierende Sequenz, die sich schneller entwickelt hat als andere Referenzsequenzen. Obwohl es sehr wahrscheinlich eine positive Selektion beinhalten würde, glaube ich nicht, dass dies per se eine Voraussetzung für die Definition von sich schnell entwickelnden Genen ist. Es könnte zum Beispiel durch eine sehr hohe Mutationsrate an dieser bestimmten Sequenz oder durch eine ausgewogene Selektion verursacht werden, die dazu führt, dass neue seltene Allele vorteilhaft sind.
Norman Kuo