Kann die Abschätzung der Wahrscheinlichkeit, dass Proteinsequenzen funktionelle Enzymfaltungen annehmen, zeigen, dass das Leben zu komplex für evolutionäre Zeitskalen ist?

Ein Bekannter hat mir diesen Artikel 1 zur Verfügung gestellt . Ich kann nicht genau verstehen, worum es geht.

Mein Bekannter sagte, dass dies beweist, dass die Zeit für die Erzeugung selbst der einfachsten Proteine ​​auf einer größeren Zeitskala liegt als die Evolutionsgeschichte (Milliarden von Jahren).

Ich frage Sie, ist das eine gültige Schlussfolgerung aus diesem Papier? Was in diesem Artikel könnte jemanden zu dieser Schlussfolgerung bringen?

  1. Axe, DD (2004) Abschätzung der Prävalenz von Proteinsequenzen, die funktionelle Enzymfaltungen annehmen. J.Mol. Biol., 341, 1295–315. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15321723
Zusätzlich. Soweit ich weiß, hat dieser Mann eine lineare erschöpfende Suche nach Nukleotiden in Betracht gezogen. So wie ich es verstehe, ist es falsch, weil Genetik und Evolutionsalgorithmen optimierte erschöpfende Suche sind.
Ich schätze die Art und Weise, wie Sie Ihre Frage in Bezug auf Angemessenheit formuliert haben, und den guten Willen der Person, die Ihnen geantwortet hat, aber dies ist wirklich keine angemessene Frage. Der Hauptgrund ist, dass es in seiner jetzigen Form nicht nachvollziehbar ist. Erstens muss man woanders hingehen, um ein Papier zu lesen (das sich zufällig hinter einer Paywall befindet), und zweitens enthält das Papier (zumindest die Zusammenfassung) keinen Hinweis auf die Evolutionszeit. Wir wissen also nicht, was Ihr Bekannter argumentiert. Daher stimme ich widerstrebend dafür, die Frage zu schließen, es sei denn, Sie können sie bearbeiten, um sie vollständig eigenständig zu machen.
@James – Ich habe keine Einwände dagegen, dass Elsevier für das, was da ist, Gebühren erhebt. Ihre Sprache ist eine andere Sache. Selbst wenn der Artikel nicht hinter einer Paywall steht, ist die Frage für SE Biology ungeeignet, da man einen Artikel lesen und sich dann die Einstellung eines Dritten dazu vorstellen muss. Wenn Sie ähnliche Arten von Fragen stellen, sollten diese ebenfalls geschlossen werden. Die Richtlinien zum Schreiben von Fragen sind ziemlich klar.
@David Ich habe ähnliche Fragen zur skeptischen Analyse von Schlussfolgerungen aus Artikeln gestellt. Es sollte sicherlich nicht wegen Elseviers schamloser Paywalls geschlossen werden. Oft enthalten Abstracts einige Beobachtungen nicht, besonders lange Fachbeiträge mit fortgeschrittenen und nuancierten Methoden wie dieser. +1 gute Frage.
@David Die Richtlinien zu Fragen sind in diesem Fall nicht ganz klar. Dies könnte als Frage zu den Codes angesehen werden, aber ich denke, die komplexen Methoden sind in der Tat außergewöhnlich, und es ist eine berechtigte Frage, ob sie die Schlussfolgerung X ziehen können. Wir sind uns in Bezug auf das Eigentumsrecht von Elsevier nicht einig (sie besitzen es rechtlich, aber ich bin ein Open-Access-Idealist), aber Sie haben Recht; du hast verloren, wenn du anfängst zu fluchen!
Vielleicht finden Sie hier eine nützliche Analyse des Papiers: pandasthumb.org/archives/2007/01/92-second-st-fa.html

Antworten (2)

Ich denke, Ihr Bekannter versucht, echte Wissenschaft mit einigen seiner persönlichen Überzeugungen (die offensichtlich falsch sind) in Einklang zu bringen.

Wenn Sie den Artikel lesen, werden Sie feststellen, dass es überhaupt nicht um Evolution geht, sondern um die Proteinfaltung und darum, welcher Anteil möglicher Sequenzen ein funktionierendes Protein ergibt. Es stellt sich heraus, dass sich zufällige Sequenzen nicht so wahrscheinlich falten, was zu einigen Schlussfolgerungen über die wahrscheinlichen Mutationswege zu gefalteten Proteinen führt.

Das Argument deines Freundes ist in gewisser Weise analog zum Satz der unendlichen zufälligen Affen. Wenn Sie einen Affen hinter eine Schreibmaschine stellen und lange genug warten, wird er schließlich die vollständigen Werke von Shakespeare schreiben. Das bedeutet nicht, dass wir Milliarden von Jahren darauf gewartet haben, dass dieser Affe es abtippt, denn die Welt funktioniert nicht so. Da war nur ein Typ mit Verstand.

Im Falle der Proteine ​​funktioniert die Evolution nicht, indem sie neue (zufällige) 300 Proteinreste erzeugt, die 1 Mal in einer Milliarde funktionieren. Wahrscheinlich wird in einer Generation eine Kopie des Proteins mit der gleichen Funktion hergestellt, und während vieler Generationen driftet die Funktion dieses Proteins in Richtung einer neuen Funktion, während alle Zwischenproteine ​​​​gefaltet bleiben, weil sie nicht so unterschiedlich sind.

Hintergrundinformationen zum Autor des Artikels (Douglas Axe) finden Sie beispielsweise unter rationalwiki.org/wiki/Douglas_Axe . Meine persönliche Meinung ist, dass das Papier auf den ersten Blick interessant aussieht, aber es könnte eine Absicht dahinter stecken.
Auch aus dem Wiki: Ax selbst sagt, dass seine Arbeit intelligentes Design nicht unterstützt. Es könnte also einen Interessenkonflikt geben, aber die Daten in der Arbeit beweisen sowieso nichts in Bezug auf die Evolution.

Schlussfolgerungen aus dem Papier.

Die letzte Zeile im Artikel sollte eigentlich zuerst gelesen werden, da sie deutlich macht, wo die Arbeit in die wissenschaftliche Literatur passt.

Wenn es also nicht einfach ist, eine Faltung durch geordnetes Zusammenfügen von Abschnitten von Sequenzen, die diese Faltung bereits übernehmen, neu zu erstellen, ist das Erzeugen neuer Faltungen aus Teilen alter Faltungen möglicherweise viel weniger machbar als angenommen.

Eine damals beliebte Hypothese war, dass einige Falten irgendwann aus wesentlich anderen Falten hervorgegangen sind.

Dieses Papier verwendete fortgeschrittene statistische Analysen (na ja, sie sind verworren, nicht besonders fortgeschritten ...) unter Verwendung eines sehr vereinfachten und unsicheren Modells, um zu zeigen, dass die Chimärentheorie der Faltungsgenese unwahrscheinlich ist. Es ist eine Kritik dieses damaligen Modells und versucht nicht zu zeigen, wie lange es gedauert hat, bis die Evolution die Falte gefunden hat.

Dies ist eine unglaublich wichtige Frage, die es zu beantworten gilt. Dieses Papier wurde wahrscheinlich angenommen, weil es einen echten Versuch zeigt, die Wahrscheinlichkeit einer allgemeinen Hypothese zu quantifizieren. Fast jeder Schritt ihrer Methode führt jedoch zu einer übermäßigen Vereinfachung, willkürlichen Schwellenwerten und einer Faltung der Biologie. Aus meiner Sicht ist das einzige, was das Papier mit Sicherheit sagen kann, "dass es bei einer kleinen Teilmenge einfacher Falten mit einer Tonne von Vorbehalten und Bedingungen weniger wahrscheinlich ist, als andere Leute denken, dass sich die Falte auf diese Weise gebildet hat" .

Was dein Freund daraus zieht.

Es wäre unglaublich schwierig, viele Philosophen würden argumentieren, es sei unmöglich, zu beweisen, wie Falten gebildet werden. Aber viele verschiedene wissenschaftliche Hypothesen aufzubauen und sie so weit wie möglich zu widerlegen, ist erreichbarer. Das ist im Großen und Ganzen die wissenschaftliche Methode, und dieses Papier hält sich im Allgemeinen an diese Denkrichtung.

In diesem Papier heißt es: "Die aktuelle Hypothese kann sicherlich nicht die richtige Methode sein! Sehen Sie, wie unwahrscheinlich sie ist." und Ihr Freund hat daraus gezogen: "Ein Wissenschaftler sagte, dass mehr Zeit benötigt würde, was beweist , dass die Evolution länger brauchte, als sie hatte". Ein einfaches Missverständnis; Ein Wissenschaftler sagte, ein Modell habe Probleme, ein Laie dachte, dies bedeute, dass die Probleme die Wahrheit seien. Das Papier zielt nicht darauf ab, etwas zu beweisen (der Autor ist angesichts seiner engen Verbindungen zu intelligenten Designbewegungen möglicherweise besonders vorsichtig damit), aber ich denke, Ihr Freund verwendet das Papier möglicherweise fälschlicherweise, um etwas zu beweisen!