Hat das MS2-RNA-Bindungsprotein irgendwelche translationale Repressionseffekte?

Reposted von Quora: http://www.quora.com/Does-the-MS2-RNA-binding-protein-have-any-translational-repression-effects

Ich denke an das MS2-Protein, das an sein RNA-Haarnadelziel bindet. Würde die Wechselwirkung des MS2-Proteins mit der Haarnadel, die stromaufwärts eines ORF platziert ist, eine Translationsrepression verursachen?

Warum stellst du die MS2L nicht hinter den ORF? Was genau ist das Experiment, das Sie durchführen möchten?

Antworten (1)

Ich nehme an, Sie sprechen von der mTAG-Visualisierungstechnik für mRNAs (1) . Sie sind wahrscheinlich damit vertraut, aber das OFR von Interesse ist mit der MS2L-Sequenz stromabwärts und stromaufwärts der 3'UTR gekennzeichnet. Es gibt auch eine modifizierte Version, in der Sie sowohl die interessierende mRNA als auch das translatierte Protein visualisieren können, siehe Abbildung unten (2) . Haim und Kollegen fanden heraus, dass Hefe, die mCherry und MS2L-markiertes ATP2 exprimiert, auf glycerinhaltigen Medien wuchs, was eine effiziente Translation von ATP2 erfordern würde.

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Ich würde also davon ausgehen, dass es keine translationale Repression gibt, wenn Sie die mRNA stromabwärts des ORF markieren. Wenn Sie keinen sehr guten Grund haben, den interessierenden ORF mit MS2 stromaufwärts des Startcodons zu markieren, würde ich es nicht tun, da diese Stem-Loop-Strukturen höchstwahrscheinlich die Translation blockieren würden, da die mRNA-Sekundärstruktur an der Translationsinitiation beteiligt war Effizienz.

Die Idee wäre eigentlich, die Übersetzung über den von Ihnen vorgeschlagenen Mechanismus zu unterdrücken. Daher die Begründung, die MS2-Haarnadel vor den ORF zu legen.
Oh, jetzt verstehe ich ... Interessante Idee. Lohnt sich zu erkunden. Warum benutzt du nicht Cas9?
Wahrscheinlich, weil ich diese Frage bereits 2012 gestellt habe und eher eine Neugierfrage als eine tatsächliche experimentelle Frage war. Genauer gesagt geht es mir mehr darum, ein abstimmbares analoges Unterdrückungssystem zu generieren, bei dem Sie eine Reihe von Unterdrückungen erzeugen können, anstatt mit CRISPR einen vollständigen Knockdown durchzuführen.
Hat das MS2-RNA-Bindungsprotein irgendwelche translationale Repressionseffekte?
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