Könnten Bakterien und Phagen in Geweben gefunden werden?

In der Literatur gibt es mehrere Studien zum Darmvirom und -mikrobiom, z. B. Reyes et al. on Nature ( https://www.nature.com/articles/nature09199?error=cookies_not_supported&code=f5201dbe-3cda-4e09-ba17-688d0352ef81). Nun macht es Sinn, Bakterien (also Phagen) im Stuhl zu finden. Es gibt jedoch andere Studien, die Bakterien aus Gewebe berichten, zum Beispiel Kostic et al. on Genome res ( Artikel Genomische Analyse identifiziert Assoziation von Fusobacterium mit ... ). In diesem speziellen Fall ist das identifizierte Bakterium (Fusobacterium nucleatum) ein endozellulärer Parasit und verfügt über Virulenzfaktoren, die es ihm ermöglichen, Gewebe zu durchdringen. Aber meine Frage ist allgemeiner: Wäre es normal, Bakterien und Bakteriophagen INNERHALB menschlicher Gewebe zu identifizieren? Würden insbesondere metagenomische Experimente zur Sequenzierung des gesamten Genoms wahrscheinlich Bakteriengenome aus menschlichem Gewebe identifizieren? Und wenn ja, wie können wir das Vorhandensein von Bakterien in Loci erklären, die angeblich steril sind? Danke

Meinst du in gesundem oder krankem Gewebe? Es gibt einige Bakterien, Viren oder Parasiten in gesundem Gewebe.
In beiden Fällen gibt es Unterschiede in Häufigkeit und Art zwischen erkrankten und gesunden Geweben, aber im Allgemeinen sollten Gewebe steril sein, wenn keine offensichtliche Infektion vorliegt. Oder nicht?
Gewebe in den Organen sind normalerweise steril, aber nicht zu 100% notwendig. Theoretisch bedeutet steril null Mikroben, aber in der Praxis bedeutet steril, dass keine Mikroben durch übliche medizinische Tests nachgewiesen werden. Also, ja, es kann wenige Mikroben in gesundem Gewebe geben. Und es gibt viele Mikroben im Darm, Speichel, auf der Haut als Teil der normalen Flora. Aber Sie fragen sich wahrscheinlich, ob es Mikroben "im Gewebe" gibt und nicht nur "auf" der Haut oder in den Körperhöhlen.
Richtig, ich spreche von tiefen, festen Geweben wie Muskeln
@Gigiux Wenn Ihre Frage nicht so spezifisch ist, dass Sie Ihre Absichten in den Kommentaren klarstellen müssen, ist Ihre Frage nicht spezifisch genug und Sie sollten sie bearbeiten.
Diese Frage scheint auch auf ResearchGate gestellt worden zu sein. Da gibt es schon einige Antworten .

Antworten (2)

Gemäß meinem Kommentar zu der Frage ist hier eine Antwort auf dieselbe Frage, die auf ResearchGate gestellt wurde :

Die Sequenzierung des gesamten Genoms von menschlichen Gewebeproben führt häufig dazu, dass sich die Lesevorgänge an bakteriellen Referenzen ausrichten, und dies ist eigentlich eine Methode, die bei der Diagnose von Infektionskrankheiten verwendet wird.

Verstehen der Versprechungen und Hürden der metagenomischen Sequenzierung der nächsten Generation als diagnostisches Instrument für Infektionskrankheiten

Identifizierung von Mikrobiomen mit geringer Häufigkeit in klinischen Proben durch Sequenzierung des gesamten Genoms

Da Pathogen-DNA jedoch möglicherweise in viel geringerer Menge vorhanden ist als Wirts-DNA, kann es schwierig sein, echte Infektionen von Kontaminationen und falsch positiven Ergebnissen zu unterscheiden. Steven Salzberg geht auf diese Bedenken ein und bietet in einer kürzlich erschienenen Veröffentlichung eine rechnerische Lösung an:

KrakenUniq: Zuverlässige und schnelle Metagenomik-Klassifizierung unter Verwendung eindeutiger k-mer-Zählungen

„Normalerweise stimmt die überwiegende Mehrheit der Reads mit dem Wirt überein (normalerweise 95–99 %), und manchmal werden weniger als 100 Reads von vielen Millionen Reads mit der Zielspezies abgeglichen. Häufige Hautbakterien vom Patienten oder Laborpersonal und andere Eine Kontamination durch die Probenentnahme oder -vorbereitung kann leicht eine ähnliche Anzahl von Lesevorgängen erzeugen und somit das Signal des Krankheitserregers maskieren.

Um diese Antwort zu erweitern, ist es wichtig zu erkennen, dass die genaue Identifizierung von Organismen mit geringer Häufigkeit in metagenomischen Lesevorgängen sehr gute Referenzgenome erfordert. Ein separates Papier der Salzberg-Gruppe diskutiert eine verblüffende Entdeckung: Viele High-Copy-Repeats im menschlichen Genom wurden in der NCBI RefSeq-Datenbank fälschlicherweise als bakterielle Proteine ​​annotiert.

Menschliche Kontamination in Bakteriengenomen hat Tausende von falschen Proteinen erzeugt

Dies legt nahe, dass Forscher vorsichtig sein sollten, wenn sie versuchen, auf das Vorhandensein von Bakterien oder Phagen in geringer Häufigkeit in menschlichen Gewebesequenzierungsdaten zu schließen, insbesondere wenn das Vorhandensein dieser Organismen nicht durch andere Analysen bestätigt wird.

NERVEN und GEHIRN

Nach einer Windpockeninfektion wandern einige Herpesviren entlang der Nerven und können in den Hinterwurzelganglien der Spinalnerven schlummern … sie können später aktiviert werden und Gürtelrose verursachen .

Laut ( jvi.asm.org ):

Das Herpes-simplex-Virus 1 (HSV-1) erzeugt Latenz in Neuronen des Gehirns und der sensorischen Ganglien von Menschen und experimentell infizierten Mäusen.

Bandscheiben

PubMed :

Unsere Ergebnisse bestätigten außerdem das Vorhandensein von anaeroben Bakterien mit geringer Virulenz in degenerierten IVDs, und P. acnes war das häufigste Bakterium.

Entschuldigung, ich hätte angeben sollen, dass ich mich auf Gewebe beziehe, die nicht direkt mit der Umwelt in Kontakt kommen, wie Gehirn und Muskeln - Blut ist aus, weil es überzeugende Beweise für Viren im Blutkreislauf wie Anelloviridae gibt.
OK, was ist mit dem Herpes-simplex-Virus in den Nervenganglien nach einer Windpockeninfektion? Ich habe meine Antwort aktualisiert.
sicher, die, die ich kenne. Meine Daten von WGS aus Geweben weisen auf das Vorhandensein nichtmenschlicher Viren und vieler Bakteriophagen hin. Wäre es normal, sie in Geweben zu finden?
Die meisten Menschen haben wahrscheinlich Herpes-simplex-Viren in ihren Nerven und einige sogar im Gehirn, wie ich in meiner Antwort schrieb. Andere mögliche Kandidaten sind Mycobacterium tuberculosis (bei latenter Tuberkulose), Epstein-Barr-Virus (bei chronischer infektiöser Mononukleose), Borrelia burgdorferi (Borreliose). Ich meine, diese Bakterien können nach der Heilung im Gehirn, Knochen oder anderen Geweben verbleiben. Es wird als latente asymptomatische Infektion bezeichnet.
Könnten Bakterien und Phagen in Geweben gefunden werden?
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