Ich möchte fragen, ob es eine Methode gibt (etabliert oder nicht), um die Heterogenität zu quantifizieren, die in Mutationen gefunden wird, die in primären Neoplasmen und metastatischen Läsionen (entweder häufig oder privat) auftreten, und diese Zahl möglicherweise mit klinisch-pathologischen Standardmerkmalen zu korrelieren.
Die Methoden, die einem sofort in den Sinn kommen, beziehen sich meist auf Next-Generation-Sequencing . Sie können Ihre Probe tief sequenzieren, wodurch die Abdeckung so weit wie möglich erhöht wird, um seltene Ereignisse zu finden. Sie können RNA-seq durchführen , um das Transkriptom zu betrachten, ChIP-seq , um Chromatinmodifikationen zu untersuchen, und Einzelzellsequenzierung (eine Form der Tiefensequenzierung, die an einzelnen Zellen vorgenommen wird), um echte Zelle-für-Zelle-Daten zu erhalten, entweder aus dem Genom (DNA) oder Transkriptom (RNA).
Wenn Sie sich nur Phänotypen ansehen, ist die Durchflusszytometrie sehr nützlich, um die relativen Expressionsniveaus von Proteinen zu analysieren, wobei sowohl extrazelluläre als auch intrazelluläre Marker und Farbstoffe verwendet werden. FACS ist eine Erweiterung der Durchflusszytometrie, die das Sortieren verschiedener Zellpopulationen in separate Behälter ermöglicht. Diese "gereinigten" Proben können dann in jedem der oben aufgeführten Verfahren verwendet werden.
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