Mikrosatellitenverschiebungen (Peak Calling) GeneMapper! Diplomarbeit helfen!

Ich bin Masterstudentin und versuche für meine Diplomarbeit eine Abstammungsanalyse an einer Fischpopulation durchzuführen. Mein Berater und meine Postdocs waren nicht sehr hilfreich, also brauche ich etwas Hilfe! Ich habe Dinukleotid-Mikrosatelliten-Marker, die ich an einer Reihe von Individuen getestet habe.

Ich verwende GeneMapper 4.0, um die Allele dieser Marker zu bewerten, aber irgendetwas ergibt keinen Sinn. Meine Allele sind dahin verschoben, wo sie in ihrer Größe nicht gleichmäßig verteilt sind. Zum Beispiel habe ich an einem bestimmten Ort für ein Individuum einen Allel-Peak bei 152, während der andere Allel-Peak bei 161 liegt (es ist eine offensichtliche Heterozygote).

Diese "Verschiebung" macht keinen Sinn, wenn man bedenkt, dass meine Marker Dinukleotide sind und 2 bp voneinander entfernt sein sollten, oder? Also ist entweder 152 tatsächlich 151/153 oder 161 tatsächlich 162/160. Wie kann ich diese bewerten und dieses Problem lösen, während ich die Konsistenz für meine spätere Analyse beibehalte? Ich sehe diese Verschiebung überall und ich habe eine Kontamination bereits ausgeschlossen und ich bin mir sicher, dass diese Peaks real sind. Irgendwelche Pop-Gen-Leute da draußen, die eine Ahnung haben, was zu tun ist?

Ich stecke seit Wochen daran fest, keine Menge Websuche / Papierlesen hat geholfen. Vielen Dank!

@MikeTaylor Vielen Dank! Das freut mich sehr. Meine Peaks sind wunderschön, aber es gibt so viele Verschiebungen, dass ich nicht sicher bin, wie ich eines der Allele bewerten soll. Soll ich die ungeraden geraden oder die geraden ungeraden machen? Ich verwende GeneMapper, wenn Sie damit Erfahrung haben, würde ich mich sehr über einen Rat freuen! Danke noch einmal!
Sie müssen die Allelgröße nicht ändern. Gibt es einen Grund, warum Sie die Größen nicht so verwenden können, wie sie von der Software aufgerufen werden, unabhängig von ungeraden oder geraden Größen?
Hier ist eine andere Möglichkeit, darüber nachzudenken. Angenommen, die Allele der Vorfahren hatten alle gleiche Größen, aber Sie wissen nicht, wie groß die Größen waren. Ein Indel tritt nach der Wiederholungsregion auf. Bei einer Löschung verringert sich die Größe um eins. Bei einer Einfügung wird die Größe um eins erhöht. Im Allgemeinen können Sie nicht erkennen, ob die Änderung auf eine Einfügung oder Löschung zurückzuführen ist. Deshalb sollten Sie die Allelgröße nicht ändern. Sie ändern Daten basierend auf nicht überprüfbaren (und unnötigen) Annahmen.
@MikeTaylor Vielen Dank für Ihre Antworten! Ich traue dem automatischen Binning und Aufrufen der Peaks in der Software nicht, nur weil dasselbe Allel uneinheitlich als unterschiedliche Größen bezeichnet wird, wenn es auch nur geringfügig verschoben wird. Ich weiß, dass ich den gleichen Peak über alle meine Samples hinweg beibehalten muss, die durchweg gleich genannt werden, aber das Ungerade/Gerade-Ding machte mir aus Gründen der Inkonsistenz Sorgen. Ich zögere jetzt nicht mehr, einen geraden Peak zu nennen, selbst wenn der Rest ungerade ist, solange ich diesen Peak konsistent als diese Größe bezeichne, denke ich. Danke für all deine Hilfe Mike!

Antworten (1)

Ihre Marker sind wahrscheinlich in Ordnung, insbesondere weil Sie bei mehreren Personen immer wieder dasselbe Allel sehen. Dinukleotid-Wiederholungen kopieren nicht immer perfekt. Denken Sie eher daran, dass die Primer, die Sie zur Amplifikation Ihrer Mikrosatelliten verwenden, außerhalb der eigentlichen Wiederholungsregion binden. Sie könnten eine Insertion/Deletion in der Region zwischen den Primern und der Wiederholungsregion haben, wodurch Ihre Allelgrößen von gerade zu ungerade (oder umgekehrt) geändert werden.

Ich mag diese Antwort, aber ich denke, Sie hätten den Genfluss erwähnen sollen
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