Schwierigkeiten, einen Weg zu verstehen [geschlossen]

Wenn Sie also das Flussdiagramm lesen, ist es wichtig, die Notation der Pfeile zu verstehen:

• Wir haben Rechtecke um die Genprodukte
• Es gibt einen Kreis, bezeichnet mit DNA, der darauf hinweist, dass die Proteine ​​das Produkt exprimieren, das durch Interaktion mit DNA entsteht
• Die durchgezogene Linie mit einer Pfeilspitze bedeutet, dass es eine Art Interaktion gibt
• Die durchgezogene Linie mit dem abgestumpften oder T-Kopf bedeutet, dass dieser Weg oder diese Wechselwirkung irgendwie aufgehoben wurde
• Die durchgezogene Linie mit dem Schrägstrich bedeutet, dass eine Interaktion fehlt, die wir nicht sehen
• Das +p bedeutet Phosphorylierung
• Die doppelte durchgezogene Linie links ist die Plasmamembran, während die gepunktete Linie in der Mitte der Figur die Kernhülle ist
• Die gepunktete Linie bedeutet eine indirekte Wirkung

Quelle: http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

Der Weg ist ziemlich breit, aber er bietet einige Mechanismen für die Tumorentstehung unter zwei Gesichtspunkten: Chromosomeninstabilität und Mikrosatelliteninstabilität . Die Wege, die wir sehen, fördern die Tumorentwicklung, indem sie Proliferationssignale hochregulieren und Apoptosewege herunterregulieren . Es muss noch mehr dahinterstecken, zumal wir sehen, dass andere Spieler beteiligt sind, wenn wir in Fälle wie Metastasen wie snail1/2, Met, Src usw. geraten. Unten finden Sie eine Übersicht über apoptotische Wege aus der Natur, wobei pro-apoptotisch in rot ist, und pro-survival in grün:

Quelle: http://www.nature.com/reviews/poster/apoptose/index.html

Wenn man den therapeutischen Targeting-Jargon ignoriert, sieht man, dass die Zelle bei der Bindung von Wachstumsfaktoren im Allgemeinen in einen Überlebenszustand drängt. Wenn Todesfaktoren binden oder etwas schief geht, drängt die Zelle in einen apoptotischen Zustand. Krebserkrankungen sind jedoch von Natur aus disreguliert :

Sie haben Methoden, ihre Grenzen als Zellen zu überschreiten, was sie problematisch macht. Die allgemeine Schlussfolgerung, die ich aus diesem KEGG-Weg ziehen würde, ist jedoch, dass viele Wege dereguliert werden müssen, um zu kolorektalen Tumoren zu führen, und die Methode der Deregulierung ist (a) heruntermodulierte Mismatch-Reparatur und (b) Chromosomenaberrationen aufgrund von Vervielfältigung usw. Und unter Berücksichtigung des Kästchens Onkogene vs. Tumorsuppressoren in der Ecke: „ Ein wichtiger Unterschied zwischen Onkogenen und Tumorsuppressorgenen besteht darin, dass Onkogene aus der Aktivierung (Anschalten) von Proto-Onkogenen resultieren, Tumorsuppressorgene jedoch Krebs verursachen wenn sie deaktiviert (ausgeschaltet) sind "

Pfade in der Biologie sind sehr schwer zu interpretieren, ohne ein Experte auf dem Gebiet zu sein. Hier ein Link zu The Standard Graphical Notation for Biological Networks , der Ihnen helfen könnte, die verwendete Notation zu verstehen.

Pathway basieren im Allgemeinen auf Beweisen für Verbindungen zwischen den Spielern. Diese Links müssen nicht mit einer bestimmten Technik gefunden werden. Diese Beweise könnten aus genomweiten Assoziationsstudien (GWAS), RNA-seq, funktionellen Assays, rezeptorbasierten Assays, klinischen Daten usw. stammen, um nur einige zu nennen.

Beispielsweise wurde der MAPK - Signalweg über Genexpressionsexperimente , wie hier gezeigt , mit Dickdarmkrebs in Verbindung gebracht . Es ist bekannt, dass der MAPK-Weg die Zellproliferation beeinflusst und daher zur Entwicklung von Darmkrebs beiträgt, aber wenn Sie zunächst nicht wissen, was der MAPK-Weg tut, ist es schwierig, das Gesamtbild zu verstehen.