Ich möchte eine chemische Strukturvorhersage unter Verwendung bekannter Molekülformeln machen. Ich bin mit der De-novo -Proteinstrukturvorhersage vertraut , aber gibt es Programme, die mit optimaler Geometrie zufälliger kleiner Chemikalien (z. B. 30 Atome) von Formel zu Struktur gehen? Ich habe http://cccbdb.nist.gov/mdlmol1.asp gefunden , aber es wählt Mol-Dateien aus einer begrenzten Datenbank aus. Ich brauche ein Befehlszeilen-UNIX-Programm, das Mol aus Formeln berechnet.
Prägnante Strukturformeln, die in früheren Zeiten beliebt waren, können nicht jede Art von chemischer Struktur wie Morphin beschreiben. Ich habe keine Software gefunden, die csf unterstützt (Smiles und Inchi sind beliebt, aber verschlüsselt und nicht für Menschen lesbar). Wenn die Bindungen der Struktur bekannt sind, orientiert die geometrische Minimierung (DG-AMMOS) die Struktur in einer stabilen, nativen ähnlichen Richtung. http://www.mti.univ-paris-diderot.fr/fr/downloads.html
Haben Sie versucht, Bioclipse zu verwenden :
Bioclipse basiert hauptsächlich auf dem Chemistry Development Kit (CDK) und enthält ein Framework zur Verwaltung und Analyse chemischer Verbindungen. Bioclipse unterstützt die Bearbeitung in 2D, die Verarbeitung großer Sammlungen von Molekülen in Tabellen, die Berechnung verschiedener Arten von Eigenschaften und viele weitere Funktionen der Cheminformatik. Die Jmol-Anwendung ist als Editor in Bioclipse integriert und bietet erweiterte interaktive 3D-Visualisierungen.
Als Referenz gibt es auch USPEX , das für eine Vielzahl von molekularen und kontinuierlichen Strukturen (meistens jedoch anorganisch) funktioniert.
USPEX kann verwendet werden, um stabile Kristallstrukturen bei bestimmten PT-Bedingungen vorherzusagen, wobei nur die chemische Zusammensetzung bekannt ist (oder um sowohl die stabilen Zusammensetzungen als auch die Strukturen bei gegebenen Elementtypen vorherzusagen). USPEX kann auch zum Auffinden niederenergetischer metastabiler Phasen sowie stabiler Strukturen von Nanopartikeln, Oberflächenrekonstruktionen, Molekülpackungen in organischen Kristallen und zur Suche nach Materialien mit gewünschten physikalischen (mechanischen, elektronischen) Eigenschaften verwendet werden.
Verrückter Wissenschaftler
Benutzer1357