Warum eine Grammatik aus vielen Grammatiken auswählen, die die Struktur von Proteinen beschreiben kann? [geschlossen]

Warum wählen wir aus vielen Grammatiken eine Grammatik aus, die die Struktur von Proteinen beschreiben kann? Normalerweise gibt es viele (vielleicht unendlich viele) Grammatiken, die eine Sprache beschreiben können. Warum wählen wir ein bestimmtes aus? Besonders die Sprache der Genproteine ​​hat nur endliche Sätze oder Wörter.

Reden Sie von der Proteinnomenklatur oder was?
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz, nein, ich spreche von der Beschreibung der Proteinstruktur durch formale Sprache, es ist Forschung, die versucht, die Struktur durch DNA oder RNA vorherzusagen
Eigentlich braucht man zur Beschreibung der 3D-Struktur eines Proteins nur die Winkel, die durch die Peptidbindung jeder Aminosäure gebildet werden, und die Aminosäuresequenz. Diese Art von Daten erhält man, wenn man Proteine ​​durch Röntgenbeugung auflöst. Das sind Rohdaten, die gedacht sind, und sie beschreiben normalerweise die Proteinstruktur durch verschiedene Nomenklaturen, wie z. B. Domänenorganisation oder Sekundärstrukturvorhersage. In diesem Fall beschreiben Sie Bereiche des Proteins mit einer bestimmten Struktur, die oft mit ihrer Funktion zusammenhängt.
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz Sie benötigen auch die Seitenkettenorientierungen für eine vollständige Struktur. Die Rohdaten für Röntgenstrahlen sind die Elektronendichte, obwohl in der NMR häufig der Torsionswinkelraum zur Strukturberechnung verwendet wird.

Antworten (1)

Ich habe Ihre Frage nicht ganz verstanden, aber ich denke, Sie möchten Folgendes wissen:

  1. Warum hat sich der genetische Code zu dem entwickelt, was er ist?
  2. Wie entsteht aus der Sequenz des von einer mRNA codierten Proteins eine bestimmte Struktur?

Die Antwort auf die erste Frage kann nicht endgültig sein. Die Lehrbucherklärung dafür, warum ein 3-Buchstaben-Code existiert, ist, dass ein 2-Buchstaben-Code nicht alle 22 Aminosäuren mit all ihren Permutationen beschreiben kann. Aber dann kommt eine andere Frage: warum nur 22 Aminosäuren. Ich kann die Antwort auf diese Frage nicht einmal spekulieren; die einfachen Aminosäuren sind in Ordnung, aber zum Beispiel warum Lysin und nicht eine ähnliche Aminosäure mit kürzerer Seitenkette - keine Ahnung.

Bei 22 Aminosäuren, einem 3-Buchstaben-Code und 4 Nukleotiden sind die mehreren Codons für eine Aminosäure in der Sequenz ähnlich (normalerweise sind die ersten beiden Basen gemäß der Wobble-Hypothese konserviert. Die letzte Base bildet normalerweise keine starken Basenpaare mit der tRNA und ist von minimaler Bedeutung).

Die Antwort auf die zweite Frage ist ziemlich einfach. Die Sequenz kann zu unendlich vielen Strukturen führen, aber in einer gegebenen Umgebung (bestehend aus dem Lösungsmittel, anderen gelösten Stoffen usw.) nimmt die Sequenz gemäß dem Prinzip der Minimierung der freien Energie eine bestimmte Struktur an. Es besteht die Möglichkeit, dass ein Protein in einer gegebenen Umgebung zwei verschiedene optimale Strukturen haben und zwischen diesen beiden Strukturen wechseln kann.

Gut, vielen Dank für Ihre Antwort, aber ich weiß nicht, warum jemand meine Frage abgelehnt hat.
Danke, ich weiß, dass Sie es nicht getan haben. Um die Wahrheit zu sagen, ich bin kein Biologe, und ich bin mit Bioinformationen nicht vertraut.
Vielleicht können Sie Ihre Frage basierend auf den Kommentaren und der Antwort neu formulieren. Selbst wenn Ihre Frage beantwortet wird, ist es besser für jemanden, der eine vorhandene Antwort nachschlägt.
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