http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wenn ich auf dieser Website den PSI-BLAST-Algorithmus auf eine Sequenz anwenden möchte, was bedeutet der PSI-BLAST-Schwellenwert im Abschnitt der Algorithmusparameter? Das Fragezeichen sagt, dass es bedeutet, dass:
Stellen Sie den statistischen Signifikanzschwellenwert so ein, dass er eine Sequenz in das Modell einschließt, das von PSI-BLAST verwendet wird, um das PSSM bei der nächsten Iteration zu erstellen.
Ein weiterer Parameter heißt dort Pseudocount. Habe das auch nicht verstanden. Konnte nicht verstehen, was das bedeutet, bitte jemand in einfacher Sprache erklären.
PSI-BLAST ist ein iterativer Algorithmus. In jedem Zyklus verwendet es ein Modell (die positionsspezifische Bewertungsmatrix oder PSSM ), um nach Sequenzen zu suchen, die mit dem Modell übereinstimmen, aktualisiert als nächstes das Modell mit den gefundenen Sequenzen und führt dann die Suche erneut mit dem aktualisierten Modell aus. Dieser P-Wert steuert, welche der in jeder Iteration gefundenen Sequenzen in das neue Modell aufgenommen werden sollen (dh nur diejenigen Sequenzen einbeziehen, die den P-Wert erfüllen).
Bezüglich der Pseudocounts ist dies ein Wert, der jeder Spalte in der PSSM hinzuzufügen ist. Der Grund dafür ist, Nullzählungseinträge zu vermeiden, die später zu Problemen führen können. Aber wie die Hilfe sagt:
Pseudocount-Parameter. Wenn Null angegeben ist, wird der Parameter automatisch durch ein Mindestlängenbeschreibungsprinzip (PMID 19088134) bestimmt. Es wird ein Wert von 30 vorgeschlagen, um ungefähr das Verhalten vor der Umsetzung des Mindestlängenprinzips zu erhalten.
Es ist wahrscheinlich in Ordnung, die Standardoption beizubehalten, es sei denn, Sie haben einen Grund, sie zu ändern.