Kann mir bitte jemand sagen, was eine degenerierte Ausrichtungsanalyse ist? Konnte keinen guten Artikel im Internet finden, der mir helfen könnte zu verstehen, was es bedeutet?
(Ich habe seit 8 Jahren nicht mehr Biologie studiert und mache es jetzt, weil ich es für meine Forschung brauche. Wenn es also jemand in einfacher Sprache beschreiben kann, wäre es sehr hilfreich.)
Erstens bezieht sich Degeneration im Grunde genommen auf die Redundanz der Codons im genetischen Code . Beispielsweise wird die Aminosäure Prolin von einem von vier Codons kodiert: CCA, CCC, CCG und CCU. Die dritte Codonposition (der dritte Buchstabe in jeder Dreiergruppe) wird als vierfach degeneriert bezeichnet, da sie sich ändern kann, ohne die Kodierung für Prolin zu beeinflussen. Phenylalanin ist zweifach degeneriert, da es von UUC und UUU kodiert wird.
Dies berücksichtigt jedoch nicht den Ausrichtungsteil Ihrer Frage. Ohne genauere Informationen (z. B. eine Referenz, die Sie gesehen haben) kann ich mir Ihrer Absicht nicht sicher sein, aber dieses Papier von Morin et al. (2008) hilfreich sein. Sie hatten eine Reihe kleiner RNA-Sequenzen (jede etwa 24 Nukleotide lang). Sie wollten DNA-Sequenzen im Genom von Küstenkiefer ( Pinus contorta ) und Reis ( Oryiza sativa ) identifizieren. Um dieses Ziel zu erreichen, verwendeten sie die Entartungsausrichtung. Hier ist der relevante Abschnitt aus ihren Methoden:
verändert, um Suchen gegen genomische Sequenzen zu ermöglichen. Ausrichtungen wurden beibehalten, wenn sie nicht kürzer als L − 3 waren, wobei L die Länge der Abfragesequenz ist. Innerhalb der ausgerichteten Region waren nicht mehr als insgesamt drei Fehlpaarungen oder Einfügungen/Deletionen erlaubt.
Ihr Ansatz war es, genomische Sequenzen zu finden, die den kleinen RNAs entsprechen. Sie ließen eine gewisse Degeneration zu, entweder im Genom oder in der RNA. Die Sequenzen könnten sich in der Länge um nicht mehr als drei Nukleotide oder Fehlpaarungen unterscheiden (ein A in der Abfragesequenz, aber ein C in der Zielsequenz anstelle eines T; ich gehe davon aus, dass die Abfrage RNA und das Ziel die genomische DNA ist). Ihre Degenerationsausrichtung ermöglichte ein geringes Maß an Freiheit bei der Identifizierung potenzieller Übereinstimmungen konservierter RNA-Cluster (hohe Ähnlichkeit) in den Genomen entfernt verwandter Pflanzenarten.
Morin, RDet al. 2008. Vergleichende Analyse der kleinen RNA-Transkriptome von Pinus contorta und Oryza sativa . Genomforschung 18: 571-584.
Terdon