Was ist ein positives Epitopfragment ? Ich habe eine Arbeit zu diesem Thema gefunden:
Die Gruppe versucht, mögliche Epitopsequenzen für die Generierung von Antikörpern vorherzusagen. Dazu gehören auch nichtlineare Epitope, bei denen nicht alle Aminosäuren des Epitops hintereinander aufgereiht sind, sondern aufgrund einer 3D-Struktur in engen Kontakt kommen. Um ihren Algorithmus zu trainieren, verwenden sie Daten, bei denen die Grenzen der Epitope und der Nicht-Epitope bekannt und eindeutig kartiert sind.
Der Abschnitt „Datensatz und Vorbereitung“ in diesem Dokument enthält Folgendes:
In diesem Artikel haben wir mehrere verschiedene Datensätze zum Trainieren und Benchmarken von COBEpro verwendet. Diese Datensätze wurden aus verschiedenen zuvor veröffentlichten Quellen abgeleitet: BciPep (Saha et al., 2005), Pellequer (Pellequer et al., 1993) und HIV (Korber et al., 2003). Die BciPep-Datensätze bestehen aus Epitop/Nicht-Epitop-Sequenzfragmenten. Die Pellequer- und HIV-Datensätze bestehen aus ganzen Antigenproteinen, die mit präzisen Epitopgrenzen annotiert sind.
Die "positiven Epitopfragmente" sind bekannte und verifizierte ("positive") Epitope aus diesen Datensätzen in der Trainingsdatenbank. Das Fragment bezieht sich auf die Beschränkung der Länge auf 20 Aminosäuren, die sie anzuwenden wählen. Kürzeren Epitopen wurden Aminosäuren hinzugefügt, sodass sie 20 Aminosäuren lang werden, längere wurden verkürzt.
Mädchen101
Chris