Ich suche nach Software, um automatisch Antikörper zu entwerfen, die auf ein bestimmtes Protein oder Antigen abzielen.
Viel einfacher gesagt als getan!
Wenn ich genügend Geld und Zeit hätte, um Ihr Ziel zu verfolgen, würde ich die Proteindatenbank nach allen interessanten PDB-Dateien durchsuchen. Sicherlich haben Sie einige Proteine, die Sie interessieren. Könnte Folgendes in Betracht ziehen:
Finden Sie heraus, zu welcher Familie Ihr Protein gehört, unter Berücksichtigung der Anzahl und des Vorhandenseins von Motiven: Spiralen, Helices, Beta-Faltblätter usw.
Führen Sie eine Literaturrecherche zu allen Proteinen durch, die bereits untersucht wurden und zu dieser Familie gehören. Wenn also ein Protein in dieser Familie eine Reaktion katalysiert, was sind seine flexiblen und zurückgehaltenen Regionen?
Verwenden Sie ein Programm wie Autodock, um Ihr Protein an ein Protein anzudocken, mit dem seine Proteinfamilie interagieren könnte.
Berechnen Sie die Wechselwirkungsenergien mit Gromacs, NAMD oder Gaussian. Sie können eine Zero-Time-Berechnung der Anfangszustände durchführen oder einen molekulardynamischen Ansatz verfolgen, während sich die Proteine zufällig in ihre stabilsten Konfigurationen bewegen, oder sogar einen molekularmechanischen Ansatz. Welche Systeme sind am günstigsten?
Du bist so weit gekommen. Was jetzt? Aber dann schafft keiner dieser Schritte Ihre Kandidaten. Es gibt Ihnen nur eine Vorstellung von der Physik, die an bereits strukturell identifizierten Verbindungen beteiligt ist. Ja, Sie können Punktmutationen in VMD und Pymol vornehmen. Wenn Sie jedoch einer bestehenden Proteinstruktur ein neues Motiv hinzufügen möchten, funktioniert dies nicht, da sich mehr als 20 Aminosäuren in einem Peptid nicht richtig falten.
Um einige der biologischen Statistiken zu erstellen, ist die Forschungsgemeinschaft für strukturelle Bioinformatik genau hier: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Sie können ihre Ordner mit wget oder curl in Bash-Skripten unter http://files.rcsb.org/ analysieren.
Aber dann nehmen wir an, Sie finden ein Kandidatenprotein, das noch nicht existiert. Wie werden Sie es im Labor machen? Es scheint, dass es besser wäre, mikrobielle Studien durchzuführen. Vielleicht können Sie mit Microarray-Platten nach einer Übereinstimmung suchen.
MattDMo